Incidence of Top 6 shiga toxigenic <em>Escherichia coli</em> within two Ontario beef processing facilities: Challenges in screening and confirmation testing
Notice bibliographique
Résumé
The incidence of the Top 6 STEC serotypes was determined in two beef slaughter houses. In total, 328 samples were taken of hides, de-hided carcasses and the plant environment. Samples were enriched in Tryptic Soy Broth containing novobiocin then screened using RT-PCR GeneDiskÒ system that targeted stx, eae and wzx genes. It was found that 92.5% (172 of 186) of the hide samples. 72.5% (29 of 40) de-hided samples and 84.3% (86 of 102) of the environmental samples returned presumptive positive results. Serotypes O103, O45 and O121 were most commonly encountered although all the Top 6 serotypes were represented within individual samples. However, attempts to recover the Top 6 serotypes by culturing proved unsuccessful despite screening up to 20 colonies per CHROMAgar® plate of enriched sample. The reasons for the discrepancy between the RT-PCR and culture methods were found to be due to low levels of the target in enriched samples, presence of virulence factors in different cells and also the transient retention of stx. With regards the latter it was found that strains harboring a full set of virulence factors (eae, stx) were more common in grown cultures held post-incubation at 4 °C for 14 days. Moreover, no stx gene was recovered when isolates were sub-cultured on TSA but was present in the same strains grown on CHROMAgar®. In total 39 STEC isolates were recovered with the majority harboring stx1, stx2, eae and hylA. Only 3 of the isolates had stable complement of virulence factors and were identified as O172:H28, O76:H7 and O187:H52. Although no Top 6 STEC were isolated the presence of virulent strains on carcasses with the potential to cause Hemolytic Uremic Syndrome is of concern. The significance of those STEC that transiently harbor virulence factors is unclear although clearly impacts on diagnostic performance robustness when screening for the Top 6 non-O157 STEC.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».