Incidence of Top 6 shiga toxigenic <em>Escherichia coli</em> within two Ontario beef processing facilities: Challenges in screening and confirmation testing
Notice bibliographique
Résumé
The incidence of the Top 6 STEC serotypes was determined in two beef slaughter houses. In total, 328 samples were taken of hides, de-hided carcasses and the plant environment. Samples were enriched in Tryptic Soy Broth containing novobiocin then screened using RT-PCR GeneDisk<sup>Ò</sup> system that targeted <em>stx</em>, <em>eae</em> and <em>wzx</em> genes. It was found that 92.5% (172 of 186) of the hide samples. 72.5% (29 of 40) de-hided samples and 84.3% (86 of 102) of the environmental samples returned presumptive positive results. Serotypes O103, O45 and O121 were most commonly encountered although all the Top 6 serotypes were represented within individual samples. However, attempts to recover the Top 6 serotypes by culturing proved unsuccessful despite screening up to 20 colonies per CHROMAgar<sup>®</sup> plate of enriched sample. The reasons for the discrepancy between the RT-PCR and culture methods were found to be due to low levels of the target in enriched samples, presence of virulence factors in different cells and also the transient retention of <em>stx</em>. With regards the latter it was found that strains harboring a full set of virulence factors (<em>eae</em>, <em>stx</em>) were more common in grown cultures held post-incubation at 4 °C for 14 days. Moreover, no <em>stx</em> gene was recovered when isolates were sub-cultured on TSA but was present in the same strains grown on CHROMAgar<sup>®</sup>. In total 39 STEC isolates were recovered with the majority harboring <em>stx<sub>1</sub></em>, <em>stx<sub>2</sub></em>, <em>eae</em> and <em>hylA</em>. Only 3 of the isolates had stable complement of virulence factors and were identified as O172:H28, O76:H7 and O187:H52. Although no Top 6 STEC were isolated the presence of virulent strains on carcasses with the potential to cause Hemolytic Uremic Syndrome is of concern. The significance of those STEC that transiently harbor virulence factors is unclear although clearly impacts on diagnostic performance robustness when screening for the Top 6 non-O157 STEC.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».