Abstract 850: Comprehensive genome and transcriptome structural analysis of a breast cancer cell line using single molecule sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Genomic instability is one of the hallmarks of cancer, leading to widespread copy number variations, chromosomal fusions, and other structural variations in many cancers. The breast cancer cell line SK-BR-3 is an important model for HER2+ breast cancers, which are among the most aggressive forms of the disease and affect one in five cases. Through short read sequencing, copy number arrays, and other technologies, the genome of SK-BR-3 is known to be highly rearranged with many copy number variations, including an approximately twenty-fold amplification of the HER2 oncogene, along with numerous other amplifications and deletions. However, these technologies cannot precisely characterize the nature and context of the identified genomic events and other important mutations may be missed altogether because of repeats, multi-mapping reads, and the failure to reliably anchor alignments to both sides of a variation. To address these challenges, we have sequenced SK-BR-3 using PacBio long read technology. Using the new P6-C4 chemistry, we generated more than 70X coverage of the genome with average read lengths of 9-13kb (max: 71kb). Using Lumpy for split-read alignment analysis, as well as our novel assembly-based algorithms for finding complex variants, we have developed a detailed map of structural variations in this cell line. Taking advantage of the newly identified breakpoints and combining these with copy number assignments, we have developed an algorithm to reconstruct the mutational history of this cancer genome. From this we have characterized the amplifications of the HER2 region, discovering a complex series of nested duplications and translocations between chr17 and chr8, two of the most frequent translocation partners in primary breast cancers. We have also carried out full-length transcriptome sequencing using PacBio's Iso-Seq technology, which has revealed a number of previously unrecognized gene fusions and isoforms. Combining long-read genome and transcriptome sequencing technologies enables an in-depth analysis of how changes in the genome affect the transcriptome, including how gene fusions are created across multiple chromosomes. This analysis has established the most complete cancer reference genome available to date, and is already opening the door to applying long-read sequencing to patient samples with complex genome structures. Citation Format: Maria Nattestad, Karen Ng, Sara Goodwin, Timour Baslan, Fritz Sedlazeck, James Gurtowski, Elizabeth Hutton, Yogi Sundaravadanam, Tyler Garvin, Marley Alford, Elizabeth Tseng, Philipp Rescheneder, Jason Chin, Timothy Beck, Melissa Kramer, John McPherson, James Hicks, Michael C. Schatz, William R. McCombie. Comprehensive genome and transcriptome structural analysis of a breast cancer cell line using single molecule sequencing. [abstract]. In: Proceedings of the 107th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2016 Apr 16-20; New Orleans, LA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2016;76(14 Suppl):Abstract nr 850.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».