5-azacytidine reactivates pluripotency gene expression, affects TET2 and histone transcription and modifies chromatin organization and morphology of mammal skin fibroblasts
Notice bibliographique
Résumé
Phenotype expression is controlled by epigenetic regulations that guide cells through differentiation. The process is reversible and cells can be driven back to a higher plasticity state with the use of epigenetic modifiers. In this work we exposed skin fibroblasts to the demethylating agent 5-azacytidine (5-aza-CR), which is a well-known DNA methyltransferase inhibitor, and has been recently shown to increase cell plasticity and facilitate phenotype changes in different cell types (Pennarossa, 2013; Brevini, 2014; Pennarossa, 2014; Brevini, 2016). Although many aspects controlling its demethylating action have been widely investigated, the mechanisms through which 5-aza-CR acts on cell plasticity are still poorly understood. At the end of 5-aza-CR treatment, cells were divided in three experimental groups and cultured for 24 and 48 hours: A) cells were returned in standard fibroblast medium; B) cells were cultured in medium specific for pluripotency maintenance; C) cells were placed in a medium encouraging pancreatic differentiation. At the end of the culture period, as expected, we could observe a global demethylating effect. In parallel, however we detected a transient upregulation of the pluripotency genes OCT4, NANOG and REX1. Increased transcription of TET2 and histones belonging to the 1,2,3 and 4 families, together with changes in the expression of enzymes controlling histone acetylation were also appreciated. Interestingly, these results were accompanied by morphological and ultrastructural changes as well as by chromatin structure modifications. All together our findings indicate that 5-aza-CR induced somatic cell transition to a higher plasticity state involves novel cellular targets that activate multiple epigenetic regulatory pathways.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».