Complete chloroplast genome sequence of the avocado: gene organization, comparative analysis, and phylogenetic relationships with other Lauraceae
Notice bibliographique
Résumé
The complete chloroplast sequence of the avocado (Persea americana Mill.), a popular tropical fruit tree, was determined in this study. The plastome consists of 152 723 bp, with a typical circular structure including inverted repeats (IRs) 40 104 bp in length separated by a large single-copy region (LSC) and a small single-copy region (SSC) of 93 795 bp and 18 824 bp, respectively. Potential mutation sites, including 61 repeats and 679 simple sequence repeats, were accurately located in the avocado plastome. Compared with the plastomes of five other related Lauraceae, 25 highly variable regions and six micro-inversions were identified, and the contraction event of the IR regions was observed. However, the plastomes of Lauraceae are extremely evolutionarily conservative, with only 0.32% sequence divergence, which is surprisingly low for angiosperms. Further phylogenetic analyses were conducted using eight complete plastomes of Lauraceae and seven barcoding sequences from 23 Persea species. These data support a close relationship between the genera Persea and Machilus and suggest that Persea is polyphyletic.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».