Topoisomerase II beta interacts with cohesin and CTCF at topological domain borders
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Type II DNA topoisomerases (TOP2) regulate DNA topology by generating transient double stranded breaks during replication and transcription. Topoisomerase II beta (TOP2B) facilitates rapid gene expression and functions at the later stages of development and differentiation. To gain new insight into the genome biology of TOP2B, we used proteomics (BioID), chromatin immunoprecipitation, and high-throughput chromosome conformation capture (Hi-C) to identify novel proximal TOP2B protein interactions and characterize the genomic landscape of TOP2B binding at base pair resolution. RESULTS: Our human TOP2B proximal protein interaction network included members of the cohesin complex and nucleolar proteins associated with rDNA biology. TOP2B associates with DNase I hypersensitivity sites, allele-specific transcription factor (TF) binding, and evolutionarily conserved TF binding sites on the mouse genome. Approximately half of all CTCF/cohesion-bound regions coincided with TOP2B binding. Base pair resolution ChIP-exo mapping of TOP2B, CTCF, and cohesin sites revealed a striking structural ordering of these proteins along the genome relative to the CTCF motif. These ordered TOP2B-CTCF-cohesin sites flank the boundaries of topologically associating domains (TADs) with TOP2B positioned externally and cohesin internally to the domain loop. CONCLUSIONS: TOP2B is positioned to solve topological problems at diverse cis-regulatory elements and its occupancy is a highly ordered and prevalent feature of CTCF/cohesin binding sites that flank TADs.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle