A Novel Plasmid, pSx1, Harboring a New Tn <i>1696</i> Derivative from Extensively Drug-Resistant <i>Shewanella xiamenensis</i> Encoding OXA-416
Notice bibliographique
Résumé
The whole genome sequencing of extensively drug-resistant Shewanella xiamenensis T17 isolated from hospital effluents in Algeria revealed the presence of a novel 268.4 kb plasmid designated pSx1, which carries several antibiotic-resistance genes in the novel Tn 1696 derivative (Tn 6297 ), in addition to the chromosomal bla OXA-48 -like gene ( bla OXA-416 ). The presence of the plasmid was confirmed by nuclease S1-PFGE analysis and transformation by electroporation into Escherichia coli DH10B. Tn 6297 contains an In27 class 1 integron harboring the dfrA12-orfF-aadA2 array, msr(E) and mph(E) associated with IS 26 ; a new efflux pump multidrug resistance composite transposon delimited by two IS Ec29 s; Tn-tet harboring tetR and tetA (C); a class 1 integron with the qacG gene cassette ; qnrVC6 and dfrA23 associated with IS CR1 ; and a complex class 1 integron In4-like containing aacC1, aadA1, bla VEB-16 , catA2 , sul1Δ , cmlA9 , tetR , tetA (G), aac(6′)-II , and bla PSE-1 . Its mer operon carries merB , but lacks merC , in contrast to Tn 1696 and Tn 21 . This study represents the first characterization of a multidrug-resistant transposon and multidrug resistance plasmid in Shewanella and is the first report of bla OXA-416 in Algeria, providing evidence that Shewanella spp. could be an important reservoir and vehicle for drug resistance genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».