Analysis of resistance‐associated substitutions in acute hepatitis C virus infection by deep sequencing across six genotypes and three continents
Notice bibliographique
Résumé
Several direct-acting antivirals (DAAs) have been approved for the treatment of chronic hepatitis C virus (HCV) infections, opening the door to highly effective interferon-free treatment regimens. Resistance-associated substitutions (RASs) have been reported both in treatment-naïve patients and following treatment with protease (NS3), phosphoprotein (NS5A) and polymerase (NS5B) inhibitors. The prevalence of naturally occurring RASs in untreated HCV-infected individuals has mostly been analysed in those infected with genotype 1 (GT1), in the late phase of infection, and only within limited regions of the genome. Furthermore, the geographic distribution of RASs remains poorly characterized. In this study, we used next-generation sequencing to analyse full-length HCV genomes for the prevalence of RASs in acute HCV infections identified in nine international prospective cohorts. RASs were analysed in 179 participants infected with all six major HCV genotypes (GT1-GT6), and the geographic distribution of RASs was assessed in 107 GT1a and GT3a samples. While RASs were detected at varied frequencies across the three genomic regions, and between genotypes, RASs relevant to multiple DAAs in the leading IFN-free regimens were rarely detected in combination. Low-frequency RASs (<10% of the viral population) were also shown to have a GT-specific distribution. The main RASs with geographic associations were NS3 Q80K in GT1a samples and NS5B N142T in GT3a. These data provide the backdrop for prospective surveillance of RASs during DAA treatment scale-up.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».