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Enregistrement W2523031282 · doi:10.1101/076158

Heterozygous mutation to <i>Chd8</i> causes macrocephaly and widespread alteration of neurodevelopmental transcriptional networks in mouse

2016· preprint· en· W2523031282 sur OpenAlexaff
Andrea Gompers, Linda Su-Feher, Jacob Ellegood, Tyler W. Stradleigh, Iva Zdilar, Nycole A. Copping, Michael C. Pride, Melanie D. Schaffler, M. Asrafuzzaman Riyadh, Gaurav Kaushik, Brandon J. Mannion, Ingrid Plajzer-Frick, Veena Afzal, Axel Visel, L Pennacchio, Diane E. Dickel, Jason P. Lerch, Jacqueline N. Crawley, Konstantinos S. Zarbalis, Jill L. Silverman, Alex S. Nord

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2016
Typepreprint
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueAutism Spectrum Disorder Research
Établissements canadiensHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesLawrence Berkeley National LaboratoryIntellectual and Developmental Disabilities Research CenterU.S. Department of EnergyUniversity of California, DavisNational Institutes of HealthMIND Institute, University of California, DavisUniversity of California Berkeley
Mots-clésMacrocephalyBiologyNeurogenesisAutismNeurodevelopmental disorderChromatin remodelingChromatinNeuroscienceRNA splicingBrain sizeGeneGeneticsMedicineRNA

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Summary The chromatin remodeling gene CHD8 represents a central node in early neurodevelopmental gene networks implicated in autism. We examined the impact of heterozygous germline Chd8 mutation on neurodevelopment in mice. Network analysis of neurodevelopmental gene expression revealed subtle yet strongly significant widespread transcriptional changes in Chd8 +/− mice across autism-relevant networks from neurogenesis to synapse function. Chd8 +/− expression signatures included enrichment of RNA processing genes and a Chd8-regulated module featuring altered transcription of chromatin remodeling, splicing, and cell cycle genes. Chd8 +/− mice exhibited increased proliferation during brain development and neonatal increase in cortical length and volume. Structural MRI confirmed regional brain volume increase in adult Chd8 +/− mice, consistent with clinical macrocephaly. Adult Chd8 +/− mice displayed normal social interactions, and repetitive behaviors were not evident. Our results show that Chd8 +/− mice exhibit neurodevelopmental changes paralleling CHD8 +/− humans and show that Chd8 is a global genomic regulator of pathways disrupted in neurodevelopmental disorders.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,013

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,248
Écart entre enseignants0,228 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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