<i>SLCO1B1</i> Gene Variations Among Tanzanians, Ethiopians, and Europeans: Relevance for African and Worldwide Precision Medicine
Notice bibliographique
Résumé
The solute carrier organic anion transporter family member 1B1 (SLCO1B1) gene encodes for a membrane-bound organic anion transporter protein involved in active cellular influx of many endogenous compounds and xenobiotics. SLCO1B1 genetic variation is associated, for example, with highly variable rifampicin exposure, thus influencing the cornerstone antituberculosis therapy, especially in sub-Saharan Africa where it is a key therapeutic modality. Yet, there is no SLCO1B1-guided pharmacogenetic dosing recommendation for rifampicin to reduce the risk of adverse events or therapy failure. Accordingly, comparative characterization of SLCO1B1, particularly within understudied African populations, is crucial and timely for global precision medicine, given the importance of antituberculosis therapy worldwide. Therefore, we report here the allele, genotype, and haplotype frequencies for common SLCO1B1 gene polymorphisms among Europeans (N = 57), Tanzanians (N = 361), and Ethiopians (N = 632). Our results show that the allele frequencies of rs4149032T, rs2306283G, rs11045819A, and rs4149056C differ significantly among Ethiopians (48.1%, 60.3%, 2.8%, 19.1%). Tanzanians (51.9%, 86.8%, 4.7%, 3.2%), and Europeans (19.8%, 34.2%, 7.9%, 22.8%) (p < 0.001). Notably, the most common haplotypes in Tanzanians (TGCT; g.38664T + c.388G + c.463C + c.521T = 61.1%) and Europeans (CGCT, all wild-type SLCO1B*1A = 59.8%) occurred at a much lower frequency in Ethiopians (TGCT = 38.8% and CGCT = 31.6%) (p < 0.0001). Additionally, the nonfunctional SLCO1B1 haplotypes CGCC (*15) and CACC (*5) are relatively common or detectable in Ethiopians (14.1%, 3.2%, respectively) and Europeans (18.1%, 2.8%) but rare in Tanzanians (1.9% and 0%, respectively) (p < 0.001). These new observations collectively underscore that precision medicine for rifampicin and other cornerstone therapeutics will require a comparative study of each and every population in the African continent as well as globally. SLCO1B1 and its extensive within- and between-population variations have to be carefully borne in mind for global precision medicine.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».