Development and optimization of a protocol for automated, low-throughput RNA purification from whole blood using the PAXgene blood RNA system
Notice bibliographique
Résumé
A44 Introduction: Gene expression analysis in peripheral blood is an important tool in molecular diagnostics, monitoring diseases at the molecular level, clinical research, and clinical trials of new drugs. Since the introduction of the PAXgene Blood RNA System, researchers have expressed a need for a low-throughput, automated (LTA) solution for RNA preparation from blood collected in PAXgene Blood RNA Tubes, with purification based on the proven silica-membrane spin-column technology in the PAXgene Blood RNA Kit. The aim of this research study was to develop and optimize a protocol for LTA RNA purification using PAXgene Blood RNA Tubes and the (manual) PAXgene Blood RNA Kit on a robotic platform. (Note: The combination of the PAXgene Blood RNA Kit on the robotic platform is for research use only and not for use in diagnostic procedures. It has not received clearance or approval for clinical use in the US, Canada or Europe.) Methods: Replicate blood samples were collected in PAXgene Blood RNA Tubes, and starting from the resuspended nucleic acid pellet, RNA was purified using either the manual procedure according to the PAXgene Blood RNA Kit handbook (reference protocol) or the new automated purification procedure (test protocol). To enable comparison of the test and reference protocol performance, purified RNA from both protocols was analyzed spectrophotometrically, by capillary gel electrophoresis, in real-time quantitative RT-PCR (RQ-RT-PCR), and in PCR assays to measure RNA yield, purity, integrity, RQ-RT-PCR inhibition, and traces of genomic DNA (gDNA). Results: The new automated PAXgene Blood RNA protocol was highly reliable in that there were no failures in sample processing. Furthermore, the quantity and quality of purified RNA was comparable between both protocols: Greater than 95% of samples processed on the instrument yielded RNA of >3micrograms per tube, all samples contained Conclusion: This research study demonstrates that the new automated protocol using proven silica-membrane spin-column technology and existing chemistry with the new robotic platform provides an efficient and reliable alternative LTA solution to the manual protocol. Automated processing reduces user interaction and hands-on time, resulting in a more convenient workflow compared to the manual PAXgene Blood RNA procedure.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,011 | 0,016 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».