Pyrosequencing of the broiler chicken gastrointestinal tract reveals the regional similarity and dissimilarity of microbial community
Notice bibliographique
Résumé
The gastrointestinal tracts of broiler chickens contain complex microbial communities that influence numerous aspects of the chickens’ health and development. The objective of this study was to analyze and compare the composition and diversity of the microbiota in the gastrointestinal tract sections of broiler chickens. This analysis was performed by 454 pyrosequencing using the V3–V6 region of the 16S rRNA genes. Samples collected from 14 healthy, 42 d old Cobb broiler chickens revealed that the dominant bacterial phyla in the seven gastrointestinal sections were Firmicutes, Bacteroidetes, and Proteobacteria. At the genus level, Lactobacillus was predominant in the upper gut (gizzard, proventriculus, duodenum, and jejunum) and ileum, whereas unclassified Lachnospiraceae, unclassified Ruminococcaceae, unclassified Synergistaceae, Bacteroides, and Ruminococcus were predominant in the lower gut (ceca and cloaca). Eight lactic acid bacteria species were found in the gastrointestinal tract sections of chickens. Principal coordinates analysis showed that the microbial communities from each gastrointestinal section could be separated into three groups according to similarity of community composition: the upper gut, ileum, and lower gut. Venn diagrams illustrated the distribution of shared and specific operational taxonomic units among the different gastrointestinal tract sections. Our results might be attributed to the probiotic development and performance improvement of broiler chickens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».