Viral and host factors regulating the annealing of primer tRNALys3 to HIV-1 genomic RNA
Notice bibliographique
Résumé
D HIV-1 infection, the conversion of the HIV-1 RNA genome into a double-stranded DNA that can be integrated into the host cell’s genome is accomplished by reverse transcription. The initiation of this reverse transcription requires a specific cellular tRNALys3 to act as a primer. This tRNA is annealed during assembly of new HIV-1, i.e., the infecting virus already contains annealed tRNALys3. The 3 18nts of tRNALys3 anneal to a complementary 18nt sequences in the viral RNA termed the primer binding site (PBS), and in this presentation, we will discuss the cellular and viral factors that promote the ability of the tRNALys3 to locate the 18nt sequence within the >9 KB comprising the HIV-1 viral RNA genome. This is associated with the formation of an early HIV-1 assembly intermediate at the site of the Gag/GagPol translation, whose components include Gag, GagPol, lysyl-tRNA synthetase (LysRS), and tRNALys3. This intermediate contains an increased concentration of tRNALys3due to a specific interaction between viral Gag and LysRS, and is able to bind through LysRS to a viral RNA structure near the PBS that resembles tRNALys3. This initial cytoplasmic annealing of tRNALys3 to viral RNA is part of a multi-staged annealing process, and not only functions in promoting reverse transcription, but also facilitates a conformation change in the 5 -untranslated region of viral RNA that promotes viral RNA dimerization.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».