Spontaneous Mutation Accumulation in<i>Daphnia pulex</i>in Selection-Free vs. Competitive Environments
Notice bibliographique
Résumé
Understanding the rates, spectra, and fitness effects of spontaneous mutations is fundamental to answering key questions in evolution, molecular biology, disease genetics, and conservation biology. To estimate mutation rates and evaluate the effect of selection on new mutations, we propagated mutation accumulation (MA) lines of Daphnia pulex for more than 82 generations and maintained a non-MA population under conditions where selection could act. Both experiments were started with the same obligate asexual progenitor clone. By sequencing 30 genomes and implementing a series of validation steps that informed the bioinformatic analyses, we identified a total of 477 single nucleotide mutations (SNMs) in the MA lines, corresponding to a mutation rate of 2.30 × 10−9 (95% CI 1.90–2.70 × 10−9) per nucleotide per generation. The high overall rate of loss of heterozygosity (LOH) of 4.82 × 10−5 per site per generation was due to a large ameiotic recombination event spanning an entire arm of a chromosome (∼6 Mb) and several hemizygous deletion events spanning ∼2 kb each. In the non-MA population, we found significantly fewer mutations than expected based on the rate derived from the MA experiment, indicating purifying selection was likely acting to remove new deleterious mutations. We observed a surprisingly high level of genetic variability in the non-MA population, which we propose to be driven by balancing selection. Our findings suggest that both positive and negative selection on new mutations is powerful and effective in a strictly clonal population.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».