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Enregistrement W2536627930 · doi:10.1093/sysbio/syw096

Possibility and Challenges of Conversion of Current Virus Species Names to Linnaean Binomials

2016· article· en· W2536627930 sur OpenAlexaff
Thomas S. Postler, Anna N. Clawson, Gaya K. Amarasinghe, Christopher F. Basler, Sina Bavari, Mária Benkő, Kim R. Blasdell, Thomas Briese, Michael J. Buchmeier, Alexander Bukreyev, Charles H. Calisher, Kartik Chandran, Rémi N. Charrel, Christopher Clegg, Peter L. Collins, De La Torre Juan Carlos, Joseph L. DeRisi, Ralf G. Dietzgen, Olga Dolnik, Ralf Dürrwald, John M. Dye, Andrew J. Easton, Sébastian Emonet, Pierre Formenty, Ron A. M. Fouchier, Elodie Ghedin, Jean‐Paul Gonzalez, Balázs Harrach, Roger Hewson, Masayuki Horie, Dàohóng Jiāng, Gary Kobinger, Hideki Kondō, Andrew M. Kropinski, Mart Krupovìč, Gael Kurath, Robert A. Lamb, Eric M. Leroy, Igor S. Lukashevich, Andrea Maisner, Arcady Mushegian, Netesov Sv, Norbert Nowotny, Jean L. Patterson, Susan Payne, Janusz T. Pawęska, C. J. Peters, Sheli R. Radoshitzky, Bertus K. Rima, Vı́ctor Romanowski, Dennis Rubbenstroth, Sead Sabanadzovic, Hélène Sanfaçon, María S. Salvato, Martin Schwemmle, Sophie J. Smither, Mark D. Stenglein, David M. Stone, Ayato Takada, Robert B. Tesh, Keizō Tomonaga, Noël Tordo, Jonathan S. Towner, Nikos Vasilakis, Viktor E. Volchkov, Victoria Wahl‐Jensen, Peter J. Walker, Lin‐Fa Wang, Arvind Varsani, Anna E. Whitfield, F. Murilo Zerbini, Jens H. Kuhn

Notice bibliographique

RevueSystematic Biology · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant Virus Research Studies
Établissements canadiensAgriculture and Agri-Food CanadaUniversity of GuelphUniversité Laval
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesMedical Research CouncilNational Institutes of HealthUniversity of GlasgowWorld Health Organization
Mots-clésEpithetBiologyVirus classificationGenusNomenclatureZoologyEvolutionary biologyGenealogyClassicsTaxonomy (biology)GeneticsGenomeHistory

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Botanical, mycological, zoological, and prokaryotic species names follow the Linnaean format, consisting of an italicized Latinized binomen with a capitalized genus name and a lower case species epithet (e.g., Homo sapiens). Virus species names, however, do not follow a uniform format, and, even when binomial, are not Linnaean in style. In this thought exercise, we attempted to convert all currently official names of species included in the virus family Arenaviridae and the virus order Mononegavirales to Linnaean binomials, and to identify and address associated challenges and concerns. Surprisingly, this endeavor was not as complicated or time-consuming as even the authors of this article expected when conceiving the experiment. [Arenaviridae; binomials; ICTV; International Committee on Taxonomy of Viruses; Mononegavirales; virus nomenclature; virus taxonomy.].

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,482
Score d'incertitude au seuil0,095

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,129
Tête enseignante GPT0,306
Écart entre enseignants0,178 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations24
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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