IC‐P‐083: MRI Patch‐Based Imaging Biomarker for Automatic Detection of Parkinson Disease
Notice bibliographique
Résumé
Parkinson’s disease (PD) is a common neurodegenerative disorder affecting the motor system due to loss of dopaminergic neurons in the substantia nigra in addition to non-dopaminergic system degeneration mainly in the basal ganglia region. Finding sensitive biomarkers of PD would facilitate the clinical management, particularly in the early stages of disease. Sensitive biomarkers could also effectively help advance drug development for the condition. Recently, we have developed a method for early detection of Alzheimer’s disease based on the automatic analysis of T1w MRI scans. Here we adapt this method for detection of PD. The method is based on nonlocal patch-based algorithm, estimating anatomical patterns from a given subject in a specific brain region and comparing them with a database composed of healthy subjects and patients. The output of the method is a grading value showing similarity towards NC (-1) or PD (+1).We tested the method using the baseline 3T high resolution T1-weighted MRI scans obtained from the Parkinson’s Progression Markers Initiative (PPMI) database (www.ppmi-info.org/data), corresponding to newly diagnosed PD patients (n=198) and an age-matched control group (n=93). We performed 10-fold cross-validation experiments and measured grading values for the substantia nigra (SN) and subthalamic nucleus (STN). The classifier performance was tested by estimating the Area Under the receiver operating characteristic Curve (AUC). Our results showed statistically significant differences in grading values for left SN (p=0.013) and left STN (p=0.0002) between patients and controls. When used to classify individual subjects in the cross-validation experiment the performance of the classifier yields an AUC=0.662 for the left SN, and AUC=0.733 for the left STN. We have shown that our method could be applied for detecting PD with AUC similar to Alzheimer Disease vs NC detection shown previously (AUC=0.73 for hippocampal grading in AD, Coupe et al, 2015). Midbrain area of the population-specific anatomical average of T1w scans from PPMI dataset with colour labels showing substantia nigra navy and turquoise) and subthalamic nucleus (green and yellow) used to calculate grading scores. Grading distribution across STN and SN. Receiver operating characteristic (ROC) curve for classification between PD and NC based on grading of each structure.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».