Comparative genomic fingerprinting of <i>Campylobacter</i>: application in routine public health surveillance and epidemiological investigations
Notice bibliographique
Résumé
A subtyping methodology for Campylobacter, Comparative Genomic Fingerprinting (CGF40), has been described recently. The objective of this study was to assess the utility of CGF40 as a tool to enhance routine public health surveillance of campylobacteriosis. Isolates of Campylobacter from across the province were requested and sent for CGF40 subtyping. Epidemiological data from cases reported to public health officials in Nova Scotia, Canada, from January 2012 to March 2015 were linked with blinded CGF40 subtyping results. CGF40 was epidemiologically valid; subtyping discerned known epidemiologically related isolates and augmented case-finding. Predominant sources and locations of subtype detection from the national reference database showed some study subtypes were rare and even novel to the database, while others were more commonly identified over multiple years and with exposures locally and internationally. A case-case study design was applied to examine risk factors for the most common CGF40 subtypes detected. Differences in the epidemiology of different CGF40 subtypes were observed. Statistically significant associations were noted for specific subtypes with rural residence, local exposure, contact with a pet dog or cat, contact with chickens, and drinking unpasteurized milk. With prospective use, CGF40 could potentially identify unrecognized outbreaks and contribute to epidemiological investigations of case clusters.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».