Microbiome analysis shows enrichment for specific bacteria in separate anatomical regions of the deep-sea carnivorous sponge<i>Chondrocladia grandis</i>
Notice bibliographique
Résumé
The Cladorhizidae is a unique family of carnivorous marine sponges characterised by either the absence or reduction of the aquiferous system and by the presence of specialised structures to trap and digest mesoplanktonic prey. Previous studies have postulated a key role of host-associated bacteria in enabling carnivory in this family of sponges. In this study, we employed high-throughput Illumina-based sequencing to identify the bacterial community associated with four individuals of the deep-sea sponge Chondrocladia grandis sampled in the Gulf of Maine. By characterising the V6 through V8 region of the 16S rRNA gene, we compared the bacterial community composition and diversity in three distinct anatomical regions with predicted involvement in prey capture (sphere), support (axis) and benthic substrate attachment (root). A high abundance of Tenacibaculum, a known siderophore producing bacterial genus, was present in all anatomical regions and specimens. The abundance of Colwellia and Roseobacter was greater in sphere and axis samples, and bacteria from the hydrocarbon-degrading Robiginitomaculum genus were most abundant in the root. This first description of the bacterial community associated with C. grandis provides novel insights into the contribution of bacteria to the carnivorous lifestyle while laying foundations for future cladorhizid symbiosis studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».