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Enregistrement W2540634505 · doi:10.33915/etd.6941

Migratory Genomics of Lake Sturgeon

2016· dissertation· en· W2540634505 sur OpenAlexfundno aff
Justine M. Whitaker

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typedissertation
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueFish Ecology and Management Studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesU.S. Geological SurveyWest Virginia UniversityOntario Ministry of Natural Resources and ForestryUniversity of WindsorNational Institute of Food and AgricultureMichigan Department of Natural ResourcesMinistry of Natural ResourcesU.S. Fish and Wildlife ServiceU.S. Department of Agriculture
Mots-clésSturgeonLake sturgeonFisheryGeographyHabitatPopulationBayEcologyDrainage basinRange (aeronautics)Fish <Actinopterygii>AcipenserBiologyCartographyArchaeology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Lake sturgeon are large, freshwater fish and the only species of sturgeon native to the Great Lakes. Their historic range extends from the Hudson Bay, down through the Great Lakes and into the Mississippi River basin. In the early 1900's, sturgeon became a valuable fishery and were soon overfished for both meat and caviar. This, in combination with damming, pollution, and habitat degradation, caused a drastic decline in their population. Some populations were extirpated, while others have been reduced to 1% of their historic population size (Auer, 1996). The St. Clair-Detroit River System (SCDRS) hosts one of the largest lake sturgeon populations in the Great Lakes, despite habitat degradation. This system has no dams and provides an excellent study site to understand both population structure and the movements of an unimpeded population. The lake sturgeon in the SCDRS appear to have fine-scale genetic structure. Lake sturgeon were grouped according to sampling location (upper St. Clair, lower St. Clair, and Detroit Rivers). Bayesian analysis, implemented by the program STRUCTURE, revealed that there are two clusters (K =2) within the SCDRS. The FST values calculated for the sampling locations showed that the upper St. Clair River is genetically differentiated from the lower St. Clair River (F ST = 0.0135, p=0.02). Additionally, results from the discriminant analysis of principal components showed moderate clustering of the sampling locations. Lake sturgeon in the SCDRS exhibit partial migration with some individuals migrating from lakes to rivers and others inhabiting the rivers year-round. An integrative approach employing morphometrics, genetic and epigenetic techniques was used to characterize the migratory phenotypes. Based on telemetry data, fish were grouped according to migratory phenotype and then analyzed for differences in morphometrics, genetics, and epigenetics. The principal components analysis, performed on 18 morphological features, did not support the hypothesis that there are morphological differences between lake sturgeon (n=63; 38 residents, 27 migrants). To identify a genetic component to the variation in migratory phenotypes, a subset of those samples (n=41; 19 residents, 22 migrants) were analyzed at 11 microsatellite loci. Bayesian analysis revealed that there is one population, indicating gene flow between the migratory phenotypes. The FST value calculated to determine genetic differentiation between migratory phenotypes was 0.0148 (p=0.11), which is interpreted as no genetic differentiation between the two groups. DNA extractions from blood samples were analyzed using the methylation sensitive amplified fragment length polymorphism (MS-AFLP) protocol to test for epigenetic differences. The

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,009
Score d'incertitude au seuil0,018

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,203
Écart entre enseignants0,198 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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