MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2550031966 · doi:10.1016/j.cell.2016.10.042

The Allelic Landscape of Human Blood Cell Trait Variation and Links to Common Complex Disease

2016· article· en· W2550031966 sur OpenAlexaff
William J. Astle, Heather Elding, Tao Jiang, Dave Allen, Dace Ruklisa, Alice Mann, Daniel G. Mead, Heleen Bouman, Fernando Riveros-Mckay, Myrto Kostadima, John Lambourne, Suthesh Sivapalaratnam, Kate Downes, Kousik Kundu, Lorenzo Bomba, Kim Berentsen, John R. Bradley, Louise C. Daugherty, Olivier Delaneau, Kathleen Freson, Stephen F. Garner, Luigi Grassi, José A. Guerrero, Matthias Haimel, Eva M. Janssen‐Megens, Anita Kaan, Mihir Kamat, Bowon Kim, Amit Mandoli, Jonathan Marchini, Joost H.A. Martens, Stuart Meacham, Karyn Mégy, Jared O’Connell, R. Petersen, Nilofar Sharifi, Simon Sheard, James R Staley, Salih Tuna, Martijn van der Ent, Klaudia Walter, Shuang-Yin Wang, Eleanor Wheeler, Steven P. Wilder, Valentina Iotchkova, Carmel Moore, Jennifer Sambrook, Hendrik G. Stunnenberg, Emanuele Di Angelantonio, Stephen Kaptoge, Taco W. Kuijpers, Enrique Carrillo de Santa Pau, David Juan, Daniel Rico, Alfonso Valencia, Lu Chen, Bing Ge, Louella Vasquez, Tony Kwan, Diego Garrido-Martín, Stephen Watt, Ying Yang, Roderic Guigó, Stephan Beck, Dirk S. Paul, Tomi Pastinen, David Bujold, Guillaume Bourque, Mattia Frontini, John Danesh, David J. Roberts, Willem H. Ouwehand, Adam S. Butterworth, Nicole Soranzo

Notice bibliographique

RevueCell · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilNational Institutes of HealthNIHR BioResourceUniversity of Cambridge“la Caixa” FoundationNHS Blood and TransplantCambridge BHF Centre of Research ExcellenceNational Institute for Health and Care ResearchEuropean Hematology AssociationBritish Heart FoundationWellcome TrustMerckNIHR Cambridge Biomedical Research CentreEuropean CommissionPfizer
Mots-clésBiologyGenome-wide association studyMendelian randomizationGenetic architectureGeneticsGenetic associationDiseaseAlleleMendelian inheritanceQuantitative trait locusPopulationPhenotypeTraitBiobankSingle-nucleotide polymorphismGeneGenotypeGenetic variantsInternal medicineMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Many common variants have been associated with hematological traits, but identification of causal genes and pathways has proven challenging. We performed a genome-wide association analysis in the UK Biobank and INTERVAL studies, testing 29.5 million genetic variants for association with 36 red cell, white cell, and platelet properties in 173,480 European-ancestry participants. This effort yielded hundreds of low frequency (<5%) and rare (<1%) variants with a strong impact on blood cell phenotypes. Our data highlight general properties of the allelic architecture of complex traits, including the proportion of the heritable component of each blood trait explained by the polygenic signal across different genome regulatory domains. Finally, through Mendelian randomization, we provide evidence of shared genetic pathways linking blood cell indices with complex pathologies, including autoimmune diseases, schizophrenia, and coronary heart disease and evidence suggesting previously reported population associations between blood cell indices and cardiovascular disease may be non-causal.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,247
Écart entre enseignants0,235 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1 411
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueCellMême sujetGenetic Associations and EpidemiologyTravaux en français237 207