PARENTAGE TESTING IN DIFFERENT BREEDS OF DOGS USING MICROSATELLITE MARKERS
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT A total of 45 blood samples from progeny and the putative parents were tested for parentage analysis using a panel of microsatellite markers (short tandem repeats). Six breeds of dogs were represented viz. German shepherd, Dalmatian, Labrador, Great Dane, Boxer and Lhasa Apso in this study for genotype analysis. Ten different microsatellite marker loci were amplified by multiplex PCR. The multiplex PCR products were run in genetic analyzer. The data were analyzed using gene mapper software to measure the allele size. Such measured allele size was compared to determine whether there are matches between the progeny and the putative parents. In conclusion, short tandem repeats uniformly distributed in the genome was found to be highly polymorphic and can be used as molecular tool for parentage testing in dogs of different breeds. Key words: microsatellite markers, dog parentage, multiplex PCR.. REFERENCES Hearne, C.M., Ghosh, S., Todd J.A.1992. Microsatellites for linkage analysis of genetic traits. Trends genet. 8:288–294. Ichikawa, Y. Takagi, K. Tsumagari, S. Ishihama, K. Morita, M. Kanemaki, M. Takeishi, M. and Takahashi, H. (2001). Canine parentage testing based on microsatellite polymorphisms. J vet. Med. sci. 63:1209-1213. Jeffreys, A.J. Wilson, V. and Thein, S.L. (1985): Individual-specific fingerprints of human DNA. Nature, 316(6023):76–79. Muller, S. Flekna, G., Muller, M., Brem, G. 1999. Use of canine microsatellite polymorphisms in forensic examinations. J. Hered. 90:55-56. Nakamura, Y., Leppert, M., O'Connell, P., Wolff, R., Holm, T., Culver, M., Martin, C., Fujimoto, E., Hoff, M., Kumlin, E. 1987. Variable number of tandem repeat (VNTR) markers for human gene mapping. Science. 235.1616-22. Ostrander, E.A. and Robert K. W. 2005. The canine genome. Genome Res. 15: 1706-1716. Stallings, R.L., Ford, A.F., Nelson, D., Torney, D.C., Hildebrand, C.E., Moyzis, R.K. 1991. Evolution and distribution of (GT)n repetitive sequences in mammalian genomes. Genomics. 10(3):807-15. Walsh, P.S., Fildes, N.J., Reynolds, R. 1996. Sequence analysis and characterization of stutter products at the tetranucleotide repeat locus vWA. Nucleic Acids Res. 24: 2807–2812. Zaje, I. 1994. A new method of paternity testing for dogs, based on microsatellite sequences. Vet. Rec. 135: 545-547.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».