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Enregistrement W2554354547 · doi:10.1038/nbt.3689

SPLASH, a hashed identifier for mass spectra

2016· article· en· W2554354547 sur OpenAlexafffund
Gert Wohlgemuth, Sajjan S. Mehta, Ramon Francisco Mejia, Steffen Neumann, Diego França Pedrosa, Tomáš Pluskal, Emma Schymanski, Egon Willighagen, Michael Wilson, David S. Wishart, Masanori Arita, Pieter C. Dorrestein, Nuno Bandeira, Mingxun Wang, Tobias Schulze, Reza M. Salek, Christoph Steinbeck, Venkata Chandrasekhar Nainala, Robert Mistrík, Takaaki Nishi­oka, Oliver Fiehn

Notice bibliographique

RevueNature Biotechnology · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMetabolomics and Mass Spectrometry Studies
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesNational Bioscience Database CenterInstitute of GeneticsLeibniz-Institut für PflanzenbiochemieSkaggs School of Pharmacy and Pharmaceutical SciencesInformation Technology LaboratoryUniversity of AlbertaEuropean CommissionEidgenössische Anstalt für Wasserversorgung Abwasserreinigung und GewässerschutzRIKENLeibniz-GemeinschaftUniversity of California, San DiegoNational Institutes of HealthNational Institute of General Medical SciencesKing Abdulaziz UniversityNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesWellcome TrustBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilUniversiteit MaastrichtEuropean Molecular Biology LaboratoryU.S. Department of CommerceNational Institute of Standards and TechnologyEuropean Bioinformatics InstituteMedical Research CouncilHelmholtz-Zentrum für UmweltforschungNational Science Foundation
Mots-clésSplashIdentifierComputer scienceComputer graphics (images)EngineeringComputer network

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Open Access articles citing this article. PeakForest: a multi-platform digital infrastructure for interoperable metabolite spectral data and metadata management Nils Paulhe , Cécile Canlet … Franck Giacomoni Metabolomics Open Access 14 June 2022 MolDiscovery: learning mass spectrometry fragmentation of small molecules Liu Cao , Mustafa Guler … Hosein Mohimani Nature Communications Open Access 17 June 2021 High resolution mass spectrometry-based non-target screening can support regulatory environmental monitoring and chemicals management Juliane Hollender , Bert van Bavel … Victoria Tornero Environmental Sciences Europe Open Access 15 July 2019

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,008
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,088
Score d'incertitude au seuil0,296

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,008
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0030,002
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0020,004
Science ouverte0,0020,003
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0880,047

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,247
Écart entre enseignants0,242 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations75
Publié2016
Routes d'admission2
Résumé présentnon

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