Short Nucleotide Insertions in the MCL-1 Promoter Affect Its Gene Expression.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract We have recently reported a short nucleotide (six and eighteen) insertion (6- and 18-nt) in the MCL-1 promoter (−190bp upstream of the major transcription start site, GenBank, AN: AF198614) in B-cell chronic lymphocytic leukemia patients. These insertions were found to be polymorphisms. CD38-negative CLL patients with these promoter insertions had higher mRNA levels, poor response to standard chemotherapy and shorter survival. The aim of the present study was to test the hypothesis that these insertions directly effect MCL-1 gene expression. K562 and HeLa cells were transfected with pGL3-Basic, pGL3-Control and four reporter plasmids were constructed with a +0/0, +6/6, +18/18, and −23/23 MCL-1 promoter linked to Luciferase. Firefly activity in each transfection was normalized to Renilla Luciferase activity. At 24-hours post-transfection cells were induced with phorbol 12-myristate 13-acetate (PMA), granulocyte-macrophage colony stimulating factor (GM-CSF), both PMA and GM-CSF, or with fresh media only. At 48-hours post-transfection cells were harvested and Dual-Luciferase Assay was performed. Compared to transfection with pGL3-(+0/0) plasmid, the Luciferase PMA-stimulated activity for K562 cells transfected with pGL3-(+6/6) and pGL3-(+18/18) was 1.7 (P=0.0277) and 1.5 times higher (P=0.0067) respectively, and for pGL3-(−23/23) was 3.2 times lower (P=0.0021). The Luciferase PMA-stimulated activity for HeLa cells transfected with pGL3-(+6/6) was 3.3 times higher (P=0.0038), pGL-3-(+18/18) was 2.3 times higher (P=0.0245), and did not differ significantly for pGL3-(−23/23), compared to pGL3-(+0/0). Similar results were observed for GM-CSF-stimulated activity for HeLa cells, where activity was 3.9 times (P=0.0068) for pGL3-(+6/6) and 2.5 times (P=0.0258) higher for pGL3-(+18/18). Unstimulated Luciferase activity was also 2.5 times higher (P=0.0115) for pGL3-(+18/18) compared to pGL3-(+0/0) plasmid. These results provide experimental evidence for the positive effect of these nucleotide insertions (6- and 18-nt) on MCL-1 gene expression in both hemopoietic (K562) and epithelial (HeLa) cells.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».