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Enregistrement W2557587008 · doi:10.1194/jlr.p065250

Higher chylomicron remnants and LDL particle numbers associate with CD36 SNPs and DNA methylation sites that reduce CD36

2016· article· en· W2557587008 sur OpenAlexaff
Latisha Love‐Gregory, Aldi T. Kraja, Fiona Allum, Stella Aslibekyan, Åsa K. Hedman, Yanan Duan, Ingrid B. Borecki, Donna K. Arnett, Mark I. McCarthy, Panos Deloukas, José M. Ordovás, Paul N. Hopkins, Elin Grundberg, Nada A. Abumrad

Notice bibliographique

RevueJournal of Lipid Research · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePeroxisome Proliferator-Activated Receptors
Établissements canadiensMcGill University and Génome Québec Innovation Centre
Organismes subventionnairesNational Center for Advancing Translational SciencesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Heart, Lung, and Blood InstituteCooperative State Research, Education, and Extension ServiceNational Institutes of HealthNational Institute for Health and Care ResearchLonger Life FoundationGeorgia Clinical and Translational Science AllianceBroad InstituteHarvard UniversityAmerican Heart Association
Mots-clésChylomicronCD36PostprandialDNA methylationSingle-nucleotide polymorphismBiologyMethylationLipid metabolismPromoterInternal medicineEndocrinologyGeneticsGene expressionLipoproteinGeneGenotypeCholesterolMedicineVery low-density lipoprotein

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Cluster of differentiation 36 (CD36) variants influence fasting lipids and risk of metabolic syndrome, but their impact on postprandial lipids, an independent risk factor for cardiovascular disease, is unclear. We determined the effects of SNPs within a ∼410 kb region encompassing CD36 and its proximal and distal promoters on chylomicron (CM) remnants and LDL particles at fasting and at 3.5 and 6 h following a high-fat meal (Genetics of Lipid Lowering Drugs and Diet Network study, n = 1,117). Five promoter variants associated with CMs, four with delayed TG clearance and five with LDL particle number. To assess mechanisms underlying the associations, we queried expression quantitative trait loci, DNA methylation, and ChIP-seq datasets for adipose and heart tissues that function in postprandial lipid clearance. Several SNPs that associated with higher serum lipids correlated with lower adipose and heart CD36 mRNA and aligned to active motifs for PPARγ, a major CD36 regulator. The SNPs also associated with DNA methylation sites that related to reduced CD36 mRNA and higher serum lipids, but mixed-model analyses indicated that the SNPs and methylation independently influence CD36 mRNA. The findings support contributions of CD36 SNPs that reduce adipose and heart CD36 RNA expression to inter-individual variability of postprandial lipid metabolism and document changes in CD36 DNA methylation that influence both CD36 expression and lipids.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,038
Score d'incertitude au seuil0,300

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,055
Tête enseignante GPT0,339
Écart entre enseignants0,284 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations37
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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