Helicobacter pylori Csd4 is a peptidoglycan metallocarboxypeptidase
Notice bibliographique
Résumé
The bacterial cell wall is a polymeric structure that determines the overall shape of the cell and undergoes constant remodelling during cell growth, requiring enzymes that cleave the existing peptidoglycan structure. Csd4 is an enzyme important for cell shape as deleting it in Helicobacter pylori causes the helical-shaped cells to become rod-like. Csd4 is a zinc carboxypeptidase that can cleave the tripeptide moiety found in peptidoglycan (i.e. L-Ala-γ-D-Glu-m-DAP) to release meso-diaminopimelic acid (mDAP). Structures of Csd4 were solved by X-ray crystallography up to 1.75 Å resolution in space group P212121 with zinc and substrate/product bound and contain the same unit cell dimensions. Csd4 is a monomeric enzyme with three domains: an N-terminal M14-family carboxypeptidase domain followed by two smaller domains likely important in protein-protein or protein-peptidoglycan interactions. Key interactions are observed between the protein and substrate in the active site, supporting specific substrate recognition by Csd4. A water or hydroxide molecule, which is required for catalytic activity, is also observed bound to the zinc and is poised to interact with the substrate molecule upon activation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».