Nidovirus papain-like proteases antagonize the host innate immune response
Notice bibliographique
Résumé
Protein ubiquitination regulates important innate immune responses. Ubiquitin (Ub) can be attached to lysine residues on cellular proteins to promote, among other activities, the innate immune responses of the cell. These pathways can in turn be downregulated by the removal of Ub from cellular proteins by deubiquitinases (DUBs). Viruses of the order Nidovirales have positive-sense, single stranded RNA genomes. Within this order are the families Coronaviridae and Arteriviridae, which include viruses known to cause severe disease in humans and animals, respectively. Members of the families Coronaviridae and Arteriviridae share a common mechanism of gene expression, whereby the viral nonstructural proteins (nsps) are initially expressed as a single polyprotein, which is then cleaved into functional units by papain-like protease (PLP) domains encoded within. Interestingly, while also being necessary for viral replication, a number of Nidovirus PLPs have been shown to remove Ub from host proteins, in order to down-regulate the host innate immune response. Here we present the crystal structure of a Nidovirus PLP in complex with Ub. The structure allowed for the characterization of a Ub-binding interface, and identification of specific residues involved in Ub recognition that are distant from the enzyme active site. The selective inactivation of DUB activity of viral PLP enzymes verses their polyprotein cleavage activity by site directed mutagenesis is allowing us to understand the role of DUB activity in evading innate immune responses of the host, and opens the door for the development of improved live attenuated vaccines against Nidoviruses and other viruses encoding similar dual specificity proteases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».