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Enregistrement W2558575595 · doi:10.1107/s2053273314092018

The Ryanodine Receptor: Arrhythmias and Muscle Disorders at High Resolution

2014· article· en· W2558575595 sur OpenAlexaff
Filip Van Petegem

Notice bibliographique

RevueActa Crystallographica Section A Foundations and Advances · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueIon channel regulation and function
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésRyanodine receptorRYR1Ryanodine receptor 2Endoplasmic reticulumMalignant hyperthermiaCalciumCell biologyCalcium signalingIntracellularBiologyCardiac muscleExtracellularSecond messenger systemCytosolBiophysicsChemistryBiochemistryInternal medicineEndocrinologyMedicinePathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Calcium ions play crucial roles in our bodies, acting as second messengers in multiple signaling pathways. The resting calcium levels in the cytosol are very low, but can increase rapidly and transiently by influx from the extracellular space, or by release from intracellular stores. The Endoplasmic and Sarcoplasmic Reticulum (ER/SR) form major intracellular calcium stores. The `Ryanodine Receptor' (RyR) is a protein that dictates calcium release from the ER/SR. It forms a huge ion channel with a molecular weight exceeding 2 MegaDalton. RyRs are expressed in multiple cell types, but are particularly abundant in cardiac and skeletal muscle, where they are directly involved in excitation-contraction coupling. Three RyR isoforms exist in mammalian species (RyR1, RyR2, RyR3). Mutations in RyR1 and RyR2 have been linked to a number of devastating genetic disorders, including stress-induced cardiac arrhythmias (CPVT), malignant hyperthermia, and central core disease. In the past 5 years we have been solving crystal structures of several RyR domains. Cryo-electron microscopy structures have helped us to build pseudo-atomic models, allowing us to locate these domains in full-length RyRs. Over 80 disease mutations are scattered throughout the structures. The bulk of these affect domain-domain interactions. By comparing the RyR in the open and closed state, we find that some of these interactions are labile: they are disrupted during channel opening. Many disease mutations weaken these interactions, leading to facilitated channel opening, resulting in premature or prolonged release of calcium. In addition, many other disease mutations affect the same labile interactions allosterically. Stabilizing the closed-state domain-domain interactions may therefore be of therapeutic value.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,016

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,004

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,219
Écart entre enseignants0,213 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2014
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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