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Enregistrement W2560312435 · doi:10.1016/j.celrep.2016.11.014

Multivalent Histone and DNA Engagement by a PHD/BRD/PWWP Triple Reader Cassette Recruits ZMYND8 to K14ac-Rich Chromatin

2016· article· en· W2560312435 sur OpenAlexafffund
P. Savitsky, T. Krojer, Takao Fujisawa, Jean‐Philippe Lambert, S. Picaud, Chen Yi Wang, Erin K. Shanle, Krzysztof Krajewski, Hans Friedrichsen, Alexander Kanapin, Colin R. Goding, Matthieu Schapira, Anastasia Samsonova, Brian D. Strahl, Anne‐Claude Gingras, P. Filippakopoulos

Notice bibliographique

RevueCell Reports · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtein Degradation and Inhibitors
Établissements canadiensUniversity of TorontoStructural Genomics ConsortiumLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesEshelman Institute for Innovation, University of North Carolina at Chapel HillJanssen PharmaceuticalsOntario Genomics InstituteNational Institute of General Medical SciencesMedical Research Council CanadaMedical Research CouncilTakeda CanadaNational Institutes of HealthOntario Ministry of Economic Development and InnovationMerckWellcomeGovernment of CanadaShenzhen Gas CorporationUehara Memorial FoundationWellcome TrustCanada Foundation for InnovationLudwig Institute for Cancer ResearchGenome CanadaAbbVieNovartis PharmaBoehringer IngelheimCanadian Institutes of Health ResearchInnovative Medicines InitiativePfizer
Mots-clésChromatinHistoneDNANucleosomeCell biologyChemistryFlexibility (engineering)Computational biologyGeneticsBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Elucidation of interactions involving DNA and histone post-translational-modifications (PTMs) is essential for providing insights into complex biological functions. Reader assemblies connected by flexible linkages facilitate avidity and increase affinity; however, little is known about the contribution to the recognition process of multiple PTMs because of rigidity in the absence of conformational flexibility. Here, we resolve the crystal structure of the triple reader module (PHD-BRD-PWWP) of ZMYND8, which forms a stable unit capable of simultaneously recognizing multiple histone PTMs while presenting a charged platform for association with DNA. Single domain disruptions destroy the functional network of interactions initiated by ZMYND8, impairing recruitment to sites of DNA damage. Our data establish a proof of principle that rigidity can be compensated by concomitant DNA and histone PTM interactions, maintaining multivalent engagement of transient chromatin states. Thus, our findings demonstrate an important role for rigid multivalent reader modules in nucleosome binding and chromatin function.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,267
Écart entre enseignants0,246 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations104
Publié2016
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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