Evaluation of Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry for Microbiological Typing in a Serratia marcescens Outbreak
Notice bibliographique
Résumé
Background. There is limited experience using matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry for the typing of isolates in outbreak investigations. The performance of MALDI-TOF typing was evaluated against 2 different reference methods in the context of a neonatal intensive care unit (NICU) outbreak of invasive Serratia marcescens. Methods. Outbreak-related patient and environmental isolates and frozen isolates of S marcescens within the past 10 years were subcultured and subjected to full protein extraction. Each extracted isolate was applied to 8 target spots and run in triplicate on the MALDI-TOF. A master spectrum was compiled for each isolate using MALDI Biotyper 3 software. A dendrogram was created using this collection of master spectra and compared with results obtained from 2 traditional typing methods, pulse-field gel electrophoresis (PFGE) and random amplification of polymorphic DNA (RAPD). Results. Overall, 19 invasive and noninvasive samples from 14 patients and 11 environmental samples were included. Four blood cultures from 3 different patients were found to harbor identical S marcescens strains using PFGE and RAPD typing methods. These isolates appeared as a cluster on the MALDI-TOF dendrogram, with no distance between 3 of them and minimal distance separating the fourth one from the triad. The environmental isolates were demonstrated to be unrelated to all patient isolates using PFGE. Likewise, the MALDI-TOF dendrogram displayed 2 major clades, which predominantly separated the patient and environmental isolates. Conclusion. In a small invasive S marcescens NICU outbreak, typing by MALDI-TOF performed well compared with traditional methods. A particular attraction of this method is that it is increasingly available at clinical laboratories and can provide rapid results to inform infection control measures in real time. Further characterization of the strain discriminatory ability of the MALDI-TOF could expand its utility as a rapid way of typing in an outbreak setting as an adjunct to slower and less readily accessible typing methods. Disclosures. All authors: No reported disclosures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».