The Hox a Locus Is Strongly Targeted by MMLV in an E2a-PBX1 Induced B-Cell Leukemia Model.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract We previously developed a B-ALL model from E2a-PBX1 transgenic mice (Bijl et al. Abstract 469 ASH 2003 and paper in preparation). We now exploit this model to identify oncogenic collaborators to E2a-PBX1. To achieve this, 18 newborn E2a-PBX1 transgenic mice and 23 control littermates were intraperitonally injected with MMLV. The occurrence of B-ALL in E2a-PBX1 transgenic animals was significantly accelerated when compared to control littermates (mean survival 162 ± 31 versus 191 ± 50 days, respectively, P=0.03), suggesting the presence of E2a-PBX1 specific collaborators. Inverse PCR was performed on genomic DNA isolated from seven E2a-PBX1 and six control tumors. Seventy-two different retroviral insertion sites were recovered from the tumors. Six common integration sites (CIS) for MMLV were identified; including two novel CIS, i.e. Pde4d, a phosphodiesterase, and a hypothetical phospholipase A930027K05Rik. Strikingly, the Hox a locus was targeted in six of seven E2a-PBX1 tumors, and only one of six control tumors. MMLV integrants in the Hox a locus were detected in a 19kb region located between Hoxa6/Hoxa7 and Hoxa10. Two tumors were targeted twice in this locus. Q-PCR analysis for expression of all Hox a cluster genes identified a significant increase for the Hoxa3 to Hoxa10 genes in the transgenic tumors when compared to the expression in a control MMLV induced B-cell tumor (see table, below). Hoxa7 and Hoxa6 were the most frequently and strongly activated (6/6 and 5/6 transgenic tumors, respectively), showing values of 5700 and 6600 fold over expression in one particular tumor. Interestingly, a Hox a locus insertion in a control tumor (table: last row) did not have any effect on gene activation. In this study we demonstrate a preference for MMLV to target the Hox a locus in an E2a-PBX1context. The resultant gene activation suggests that several members of the Hox a locus are functional collaborators to E2a-PBX1 in the induction of B-cell leukemia. Fold difference in expression for Hox a cluster genes in Hox a targeted tumors compared to a control tumor. Insertions a3 a4 a5 a6 a7 a9 a10 a9/a10 −1 1 4 3 138 2 4 a3 17 55 1067 5700 6608 171 62 a10 3 1 11 98 38 3 −4 a9/a10 1 −1 2 21 9 2 −2 a9/a10 2x 13 6 19 221 191 85 2 a7/a9 + a10 8 4 11 66 44 9 149 a10 −2 −6 2 2 −2 −8 −5
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».