Whole-Organism Developmental Expression Profiling Identifies RAB-28 as a Novel Ciliary GTPase Associated with the BBSome and Intraflagellar Transport
Notice bibliographique
Résumé
Primary cilia are specialised sensory and developmental signalling devices extending from the surface of most eukaryotic cells. Defects in these organelles cause inherited human disorders (ciliopathies) such as retinitis pigmentosa and Bardet-Biedl syndrome (BBS), frequently affecting many physiological and developmental processes across multiple organs. Cilium formation, maintenance and function depend on intracellular transport systems such as intraflagellar transport (IFT), which is driven by kinesin-2 and IFT-dynein motors and regulated by the Bardet-Biedl syndrome (BBS) cargo-adaptor protein complex, or BBSome. To identify new cilium-associated genes, we employed the nematode C. elegans, where ciliogenesis occurs within a short timespan during late embryogenesis when most sensory neurons differentiate. Using whole-organism RNA-Seq libraries, we discovered a signature expression profile highly enriched for transcripts of known ciliary proteins, including FAM-161 (FAM161A orthologue), CCDC-104 (CCDC104), and RPI-1 (RP1/RP1L1), which we confirm are cilium-localised in worms. From a list of 185 candidate ciliary genes, we uncover orthologues of human MAP9, YAP, CCDC149, and RAB28 as conserved cilium-associated components. Further analyses of C. elegans RAB-28, recently associated with autosomal-recessive cone-rod dystrophy, reveal that this small GTPase is exclusively expressed in ciliated neurons where it dynamically associates with IFT trains. Whereas inactive GDP-bound RAB-28 displays no IFT movement and diffuse localisation, GTP-bound (activated) RAB-28 concentrates at the periciliary membrane in a BBSome-dependent manner and undergoes bidirectional IFT. Functional analyses reveal that whilst cilium structure, sensory function and IFT are seemingly normal in a rab-28 null allele, overexpression of predicted GDP or GTP locked variants of RAB-28 perturbs cilium and sensory pore morphogenesis and function. Collectively, our findings present a new approach for identifying ciliary proteins, and unveil RAB28, a GTPase most closely related to the BBS protein RABL4/IFT27, as an IFT-associated cargo with BBSome-dependent cell autonomous and non-autonomous functions at the ciliary base.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».