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Enregistrement W2560800613 · doi:10.1186/s12864-016-3366-y

Exposure of bovine oocytes and embryos to elevated non-esterified fatty acid concentrations: integration of epigenetic and transcriptomic signatures in resultant blastocysts

2016· article· en· W2560800613 sur OpenAlexafffund
K. L. J. Desmet, Veerle Van Hoeck, Dominic Gagné, Emmanuelle Fournier, Avinash Thakur, A. O’Doherty, Colum P. Walsh, Marc‐André Sirard, P.E.J. Bols, Jo Leroy

Notice bibliographique

RevueBMC Genomics · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueReproductive Biology and Fertility
Établissements canadiensUniversity of British ColumbiaBC Cancer AgencyUniversité Laval
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilCanadian Network for Research and Innovation in Machining Technology, Natural Sciences and Engineering Research Council of CanadaUniversiteit AntwerpenNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaFonds Wetenschappelijk OnderzoekEuropean Cooperation in Science and Technology
Mots-clésBiologyEpigeneticsEmbryoTranscriptomeAndrologyOocyteDNA microarrayCell biologyGeneticsBioinformaticsGeneGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Metabolic stress associated with negative energy balance in high producing dairy cattle and obesity in women is a risk factor for decreased fertility. Non-esterified fatty acids (NEFA) are involved in this pathogenesis as they jeopardize oocyte and embryo development. Growing evidence indicates that maternal metabolic disorders can disturb epigenetic programming, such as DNA methylation, in the offspring. Oocyte maturation and early embryo development coincide with methylation changes and both are sensitive to adverse environments. Therefore, we investigated whether elevated NEFA concentrations affect establishment and maintenance of DNA methylation in oocytes and embryos, subsequently altering transcriptomic profiles and developmental competence of resultant blastocysts. RESULTS: Bovine oocytes and embryos were exposed to different NEFA concentrations in separate experiments. In the first experiment, oocytes were matured in vitro for 24 h in medium containing: 1) physiological ("BASAL") concentrations of oleic (OA), palmitic (PA) and stearic (SA) acid or 2) pathophysiological ("HIGH COMBI") concentrations of OA, PA and SA. In the second experiment, zygotes were cultivated in vitro for 6.5 days under BASAL or HIGH COMBI conditions. Developmental competence was evaluated by assessing cleavage and blastocyst rate. Overall gene expression and DNA methylation of resultant blastocysts were analyzed using microarray. DNA methylation data were re-evaluated by pyrosequencing. HIGH COMBI-exposed oocytes and embryos displayed a lower competence to develop into blastocysts compared to BASAL-exposed counterparts (19.3% compared to 23.2% and 18.2% compared to 25.3%, respectively) (P < 0.05). HIGH COMBI-exposed oocytes and embryos resulted in blastocysts with altered DNA methylation and transcriptomic fingerprints, compared to BASAL-exposed counterparts. Differences in gene expression and methylation were more pronounced after exposure during culture compared to maturation suggesting that zygotes are more susceptible to adverse environments. Main gene networks affected were related to lipid and carbohydrate metabolism, cell death, immune response and metabolic disorders. CONCLUSIONS: Overall, high variation in methylation between blastocysts made it difficult to draw conclusions concerning methylation of individual genes, although a clear overview of affected pathways was obtained. This may offer clues regarding the high rate of embryonic loss and metabolic diseases during later life observed in offspring from mothers displaying lipolytic disorders.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,445
Score d'incertitude au seuil0,281

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,259
Écart entre enseignants0,238 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations96
Publié2016
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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