Salt-mediated two-site ligand binding by the cocaine-binding aptamer
Notice bibliographique
Résumé
Multisite ligand binding by proteins is commonly utilized in the regulation of biological systems and exploited in a range of biochemical technologies. Aptamers, although widely utilized in many rationally designed biochemical systems, are rarely capable of multisite ligand binding. The cocaine-binding aptamer is often used for studying and developing sensor and aptamer-based technologies. Here, we use isothermal titration calorimetry (ITC) and NMR spectroscopy to demonstrate that the cocaine-binding aptamer switches from one-site to two-site ligand binding, dependent on NaCl concentration. The high-affinity site functions at all buffer conditions studied, the low-affinity site only at low NaCl concentrations. ITC experiments show the two ligand-binding sites operate independently of one another with different affinities and enthalpies. NMR spectroscopy shows the second binding site is located in stem 2 near the three-way junction. This ability to control ligand binding at the second site by adjusting the concentration of NaCl is rare among aptamers and may prove a useful in biotechnology applications. This work also demonstrates that in vitro selected biomolecules can have functions as complex as those found in nature.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».