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Enregistrement W2563316121 · doi:10.1021/acschembio.6b01037

Rapid Chagas Disease Drug Target Discovery Using Directed Evolution in Drug-Sensitive Yeast

2016· article· en· W2563316121 sur OpenAlexfundno aff
Sabine Ottilie, Gregory M. Goldgof, Cláudia M. Calvet, Gareth K. Jennings, Greg LaMonte, Jake Schenken, Edgar Vigil, Prianka Kumar, Laura‐Isobel McCall, Eduardo Soares Constantino Lopes, Felicia Gunawan, Jennifer H. Yang, Yo Suzuki, Jair L. Siqueira-Neto, James H. McKerrow, Rommie E. Amaro, Larissa M. Podust, Jacob D. Durrant, Elizabeth A. Winzeler

Notice bibliographique

RevueACS Chemical Biology · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueTrypanosoma species research and implications
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Center for Advancing Translational SciencesNational Institute of General Medical SciencesCanadian Institutes of Health ResearchNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesBill and Melinda Gates FoundationNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNIH Office of the DirectorU.S. Department of Defense
Mots-clésChagas diseaseDrugDrug discoveryYeastDrug targetComputational biologyDiseaseBiologyTrypanosoma cruziDrug developmentPharmacologyVirologyMedicineGeneticsBioinformaticsComputer scienceParasite hosting

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Recent advances in cell-based, high-throughput phenotypic screening have identified new chemical compounds that are active against eukaryotic pathogens. A challenge to their future development lies in identifying these compounds' molecular targets and binding modes. In particular, subsequent structure-based chemical optimization and target-based screening require a detailed understanding of the binding event. Here, we use directed evolution and whole-genome sequencing of a drug-sensitive S. cerevisiae strain to identify the yeast ortholog of TcCyp51, lanosterol-14-alpha-demethylase (TcCyp51), as the target of MMV001239, a benzamide compound with activity against Trypanosoma cruzi, the etiological agent of Chagas disease. We show that parasites treated with MMV0001239 phenocopy parasites treated with another TcCyp51 inhibitor, posaconazole, accumulating both lanosterol and eburicol. Direct drug-protein binding of MMV0001239 was confirmed through spectrophotometric binding assays and X-ray crystallography, revealing a binding site shared with other antitrypanosomal compounds that target Cyp51. These studies provide a new probe chemotype for TcCyp51 inhibition.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,443
Score d'incertitude au seuil0,351

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,288
Écart entre enseignants0,271 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations33
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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