Abstract 4955: Somatic alteration and depleted nuclear expression of BAP1 in human esophageal squamous cell carcinomas
Notice bibliographique
Résumé
Abstract We have found a case of somatic non-synonymous mutation of BAP1, substituting phenylalanine to isoleucine at codon 170 (F170I) out of 49 patients with esophageal squamous cell carcinomas (ESCs) examined by Sanger's direct sequencing. By in vivo Ubiquitination assay, deubiquitininase activity was suppressed in F170I, comparing with wild BAP1. BAP1 localization assay revealed that F170I mutant preferred to localize within cytoplasm although wild BAP1 mostly localizes within nucleus. Microarray analysis revealed that F170I has drastically altered gene expression profile. The following gene-ontology analyses indicated that expression of genes involved in oncogenic pathways has drastically altered by F170I. We have also found that BAP1 expression was depressed around 10% of ESCs examined by immunohistochemistry. It is interesting that nuclear BAP1-depleted cases have strong cytosolic expression of BAP1, instead. As nuclear localization of BAP1 is important in tumor suppressor function, BAP1 may be functionally inactivated around 10% of ESCs. Citation Format: Takahiro Mori, Makiko Sumii, Fumiyoshi Fujishima, Kazuko Ueno, Masao Nagasaki, Chikashi Ishioka, Natsuko Chiba. Somatic alteration and depleted nuclear expression of BAP1 in human esophageal squamous cell carcinomas. [abstract]. In: Proceedings of the 106th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2015 Apr 18-22; Philadelphia, PA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2015;75(15 Suppl):Abstract nr 4955. doi:10.1158/1538-7445.AM2015-4955
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».