Development and Validation of Polymorphic Microsatellite Loci for the NA2 Lineage of <i>Phytophthora ramorum</i> from Whole Genome Sequence Data
Notice bibliographique
Résumé
Phytophthora ramorum is the causal agent of sudden oak death and sudden larch death, and is also responsible for causing ramorum blight on woody ornamental plants. Many microsatellite markers are available to characterize the genetic diversity and population structure of P. ramorum. However, only two markers are polymorphic in the NA2 lineage, which is predominant in Canadian nurseries. Microsatellite motifs were mined from whole-genome sequence data of six P. ramorum NA2 isolates. Of the 43 microsatellite primer pairs selected, 13 loci displayed different allele sizes among the four P. ramorum lineages, 10 loci displayed intralineage variation in the EU1, EU2, and/or NA1 lineages, and 12 microsatellites displayed polymorphism in the NA2 lineage. Genotyping of 272 P. ramorum NA2 isolates collected in nurseries in British Columbia, Canada, from 2004 to 2013 revealed 12 multilocus genotypes (MLGs). One MLG was dominant when examined over time and across sampling locations, and only a few mutations separated the 12 MLGs. The NA2 population observed in Canadian nurseries also showed no signs of sexual recombination, similar to what has been observed in previous studies. The markers developed in this study can be used to assess P. ramorum inter- and intralineage genetic diversity and generate a better understanding of the population structure and migration patterns of this important plant pathogen, especially for the lesser-characterized NA2 lineage.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».