Nonpromoter methylation of the CDKN2A gene with active transcription is associated with improved locoregional control in laryngeal squamous cell carcinoma
Notice bibliographique
Résumé
We previously reported a novel association between CDKN2A nonpromoter methylation and transcription (ARF/INK4a) in human papillomavirus associated oropharyngeal tumors. In this study we assessed whether nonpromoter CDKN2A methylation in laryngeal squamous cell carcinomas (LXSCC) conferred a similar association with transcription that predicted patient outcome. We compared DNA methylation and ARF/INK4a RNA expression levels for the CDKN2A locus using the Illumina HumanMethylation27 beadchip and RT-PCR in 43 LXSCC tumor samples collected from a prospective study of head and neck cancer patients treated at Montefiore Medical Center (MMC). Validation was performed using RNAseq data on 111 LXSCC tumor samples from the Cancer Genome Atlas (TCGA). The clinical relevance of combined nonpromoter CDKN2A methylation and transcription was assessed by multivariate Cox regression for locoregional recurrence on a subset of 69 LXSCC patients with complete clinicopathologic data from the MMC and TCGA cohorts. We found evidence of CDKN2A nonpromoter hypermethylation in a third of LXSCC from our MMC cohort, which was significantly associated with increased ARF and INK4a RNA expression (Wilcoxon rank-sum, P = 0.007 and 0.003, respectively). A similar association was confirmed in TCGA samples (Wilcoxon rank-sum test P < 0.0001 for ARF and INK4a). Patients with CDKN2A hypermethylation or high ARF/INK4a expression were significantly less likely to develop a locoregional recurrence compared to those with neither of the features, independent of other clinicopatholgic risk factors (adjusted hazard ratio=0.21, 95% confidence interval:0.05-0.81). These results support the conclusion that CDKN2A nonpromoter methylation is associated with increased ARF and INK4a RNA expression, and improved locoregional control in LXSCC.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».