Evaluation of the Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry for the Identification of Cystic Fibrosis Pathogens
Notice bibliographique
Résumé
Background. Accurate and timely identification of organisms recovered from respiratory specimens of cystic fibrosis (CF) patients is crucial for effective management. Identification of nonfermenting Gram-negative bacilli (NFGNB) from respiratory cultures of CF patients is challenging; traditional biochemical tests, APINE, 16S rRNA sequencing, or a combination of these methods are used for identification of these organisms. Few studies have validated the use of matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) for the identification of NFGNB in CF patients. Methods. Two hundred forty NFGNB were isolated from respiratory specimens of CF patients at the Hospital For Sick Children between January 2013 and June 2015. Frozen isolates were subcultured onto 5% sheep blood agar before analysis was performed using the Burker Microflex LT MS system and interpreted with the Biotyper software (version 3.1). Reference identification was by partial 16S rRNA gene amplification and sequencing. Organisms identified were as follows: Achromobacter (64), Burkholderia (Burkholderia cepacia complex [BCC] [34], Burkholderia multivorans [37], and Burkholderia gladioli [8]), Chryseobacterium (16), Cupriavidus (8), Inquilinus (18), Pseudomonas (15), and Sphingobacterium (8) species. Others were as follows: Acinetobacter (5), Bordetella (3), Comamonas (1), Delftia (1), Elizabethkingia (5), Moraxella (1), Neisseria (2), Pandoraea (4), Pantoea (1), Ralstonia (4), and Stenotrophomonas (5). Results. The MALDI-TOF MS correctly identified 100% of the NFGNB isolates to genus level. All isolates of B gladioli, Inquilinus limosus, Pseudomonas aeruginosa, Ralstonia species, Stenotrophomonas maltophilia, and Sphingobacterium species were also correctly identified to species level. Although MALDI-TOF MS provided identification to species level for some of the Achromobacter, Chryseobacterium, Elizabethkingia, and Pandoraea isolates, the accuracy of these identifications cannot be confirmed due to limitations of partial 16S rRNA sequencing. The MALDI-TOF MS accurately identified B multivorans but cannot reliably provide genomovar typing of other BCC. Conclusion. The MALDI-TOF MS accurately identified NFGNB, which are challenging to identify by conventional methods from CF respiratory specimens to the genus level. Further molecular characterization is still required to appropriately speciate certain genera. Disclosures. All authors: No reported disclosures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».