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Enregistrement W2587227370 · doi:10.1093/ecco-jcc/jjx002.875

P754 X-linked inhibitor of apoptosis protein genetic variants in paediatric-onset inflammatory bowel disease

2017· article· en· W2587227370 sur OpenAlexaff
Eileen Crowley, Abdul Elkadri, Neil Warner, S. Zhang, Julie Horowitz, Jeffrey Staples, John D. Overton, Frederick E. Dewey, Claudia Gonzaga‐Jauregui, A M Griffiths, Aleixo M. Muise

Notice bibliographique

RevueJournal of Crohn s and Colitis · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAutoimmune and Inflammatory Disorders Research
Établissements canadiensSickKids FoundationUniversity of TorontoHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésInflammatory bowel diseaseMedicineXIAPSanger sequencingCrohn's diseaseUlcerative colitisDiseaseInhibitor of apoptosisExome sequencingImmunologyHemophagocytic lymphohistiocytosisPhenotypeGastroenterologyGeneticsMutationInternal medicineGeneBiologyApoptosis

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background: Inflammatory bowel disease (IBD) has a multifactorial aetiology, with complex interactions between genetic and environmental factors. Recent studies have suggested an increasing spectrum of human monogenic diseases that can present with IBD-like intestinal inflammation. Mutations in X-linked inhibitor of apoptosis protein (XIAP) result in an X-linked recessive disorder whose phenotype is highly heterogeneous with respect to age at presentation and severity of disease and is poorly understood. Due to X chromosome inactivation heterozygous female carriers can also be symptomatic. Although a severe phenotype with infantile onset disease and predisposition to hemophagocytic lymphohistiocytosis (HLH) or X-linked lymphoproliferative syndrome (XLP) is recognized, one recent study has reported XIAP variants in 4% of male pediatric IBD patients. Methods: 1250 individual Hospital for Sick Children pediatric IBD patients have undergone whole exome sequencing in collaboration with the Regeneron Genetics Center. Within the cohort, 39 variants were called across the XIAP gene – 29 of which were high quality, rare (maf <0.01), protein coding variants predicted to be deleterious. 13 of these variants were present in 15 affected patients all of which have been Sanger validated. Case notes were retrospectively reviewed to ascertain phenotypic features of IBD in these 15 pediatric patients. Results: Of the 15 patients (80% males), 14 (93%) were diagnosed with IBD. 13 (92%) of these with Crohn's disease and 1 (7%) with ulcerative colitis. At the time of diagnosis, CD involved small bowel and colon (L3) in 50% children, colon (L2) in 14% and ileum (L1) in 28%. 21% of the children had perianal disease, with a further 21% having extra intestinal manifestations of IBD (erythema nodosum, fevers, large joint arthritis). A further infant was diagnosed with primary HLH and received a bone marrow transplant. This infant did have some gastrointestinal involvement with diffuse damage noted in the colonic mucosa and frequent apoptotic cells. 14% of these children had a first degree relative with IBD. 21% underwent ileocaecal resection with 57% progressing to biologic therapy. Patient samples, monocytes, are now undergoing a functional test to determine tumour necrosis factor (TNF) production of monocytes in response to NOD2 stimulation by muramyl dipeptides (L18-MDP) for the functional diagnosis of XIAP deficiency. Conclusions: Analysis of this large pediatric cohort confirms the highly varied phenotypic spectrum of IBD associated with XIAP mutations. Functional studies may more completely explain the observed variation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,273
Écart entre enseignants0,260 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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