Structural and Functional Relationships between Ubiquitin Conjugating Enzymes (E2s) and Ubiquitin Ligases (E3s)
Notice bibliographique
Résumé
The first part of the thesis describes a systematic function analysis that identified in vitro E2 partners for ten different HECT E3 ligase proteins. Using mass spectrometry, the linkage composition for the resulting autoubiquitylation products of a number of functional E2-HECT pairs was determined. HECT domains from different subfamilies catalyze the formation of very different types of Ub chains, largely independent of the E2 in the reaction. The second part of the thesis describes the characterization of the RAD6-interactome. Using affinity purification coupled with mass spectrometry, I identified a novel RAD6-interacting E3 ligase, KCMF1, which binds to a different surface on RAD6 than the other RAD6-associated E3 ligases. KCMF1 also recruits additional proteins to RAD6, and this new complex points to novel RAD6 functions. Interestingly, the RAD6A R11Q mutant polypeptide, found in X-linked mental retardation patients specifically loses the interaction with KCMF1, but not with other RAD6-associated E3 ligases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».