PBS software: maps, spatial analysis, and other utilities
Notice bibliographique
Résumé
Schnute, J.T., N.M. Boers, and R. Haigh. 2003. PBS software: maps, spatial analysis, and other utilities. Can. Tech. Rep. Fish. Aquat. Sci. 2496: viii + 82 p. This report describes software written to facilitate the compilation and analysis of fishery data, particularly data referenced by spatial coordinates. Our research stems from experiences with information on Canadas Pacific groundfish fisheries compiled at the Pacific Biological Station (PBS). Despite its origins in fishery data analysis, our software has broad applicability. The library PBS Mapping extends the languages R and S-PLUS to include two-dimensional plotting features similar to those commonly available in a Geographic Information System (GIS). Embedded C code speeds algorithms from computational geometry, such as finding polygons that contain specified point events or converting between longitude-latitude and Universal Transverse Mercator (UTM) coordinates. We also present a number of convenient utilities for the Microsoft Windows operating systems, including commands that support computational geometry outside the framework of R or S-PLUS. Tools to construct most of our software come freely from the Internet, as documented here in a guide to the packages available. Furthermore, we provide quick tutorials that address key technical issues relevant to our work, such as embedding C code into an R package and writing documentation that meets the R standard. Our results, which depend significantly on the work of students, illustrate the convergence of goals between academic training and applied research. RESUME Schnute, J.T., N.M. Boers, and R. Haigh. 2003. PBS software: maps, spatial analysis, and other utilities. Can. Tech. Rep. Fish. Aquat. Sci. 2496: viii + 82 p. Ce rapport presente un logiciel concu pour faciliter la compilation et lanalyse de donnees sur la peche, particulierement de donnees georeferencees. Notre recherche decoule de notre experience de la compilation de donnees sur la peche du poisson de fond dans le Pacifique a la Station biologique du Pacifique (SBP). Bien quil ait ete concu pour analyser des donnees sur la peche, notre logiciel est dapplication tres generale. La cartotheque logicielle PBS Mapping permet de developper les langages R et S-PLUS afin quils comprennent des capacites de tracage bidimensionnel semblables a celles disponibles couramment dans un systeme dinformation geographique (SIG). Le langage C permet daccelerer les algorithmes geometriques, comme ceux qui permettent de rechercher des polygones comportant des evenements ponctuels precis ou de convertir des coordonnees geographiques en coordonnees de Mercator transverse universelle. Nous presentons egalement un certain nombre dapplications pratiques pour les systemes dexploitation Windows de Microsoft, y compris des commandes de geometrie algorithmique a lexterieur du cadre des langages R et S-PLUS. Les outils utilises pour mettre au point la plupart de nos logiciels sont disponibles gratuitement sur Internet, tel que souligne dans un guide des progiciels disponibles presente dans ce document. De plus, nous offrons de courts didacticiels qui traitent des principales questions techniques liees a notre travail, comme lintegration de code C dans un progiciel en langage R et la redaction de documents qui satisfont a la norme du langage R. Nos resultats, qui dependent grandement du travail detudiants, illustrent la convergence des objectifs de la formation academique et de la recherche appliquee.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,017 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,007 | 0,009 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,006 |
| Science ouverte | 0,006 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,281 | 0,294 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».