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Enregistrement W2590042460 · doi:10.5197/j.2044-0588.2017.035.010

First report of <i>Pepino mosaic virus</i> in tomato in Morocco

2017· article· en· W2590042460 sur OpenAlexaboutno aff
Amal Souiri, Mustapha Zemzami, Hayat Laatiris, Saaïd Amzazi, Moulay Mustapha Ennaji

Notice bibliographique

RevueNew Disease Reports · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant Virus Research Studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésSolanumBiologyPlant virusHorticultureVirologyVirus

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Pepino mosaic virus (PepMV) is a member of the Potexvirus genus (Martelli et al., 4) that infects a relatively broad host range of plants in the Solanaceae, particularly tomato (Solanum lycopersicum) and causes significant losses. The virus was first reported in Europe in 2000 (van der Vlugt et al., 6). Subsequently, it has been identified in Canada and the United States (French et al., 3) and has become widespread on greenhouse tomatoes in many countries. In Morocco the occurrence of PepMV is unrecorded as no surveys on its incidence have been performed until now. Notwithstanding this there are several interception reports of PepMV infection in exported Moroccan tomato fruit suggesting the presence of the virus in the production area (European and Mediterranean Plant Protection Organization, 2). Early in 2009, possible disease symptoms were observed on a number of tomato plants growing in greenhouses in the Souss region of Morocco. Plants exhibited a chlorotic mosaic on leaves, necrotic stems and typical fruit marbling (Fig. 1). Based on these observations viral infection was suspected. Seven tomato samples were tested for the presence of PepMV using a DAS-ELISA kit (Agdia, USA). The presence of the symptoms correlated with positive ELISA results. In 2014 five tomato fruits grown near the towns of El Jadida and Skhirat were sampled from markets in Rabat, three of which displayed symptoms typical of PepMV infection and two had non-typical symptoms. Extracts from all five tomatoes tested positive for PepMV infection following DAS-ELISA using monoclonal antibodies raised against a PepMV isolate (Souiri et al., 5). The presence of PepMV in samples from both surveys was confirmed by RT-PCR amplification. Total RNA was isolated from all diseased fruit and one healthy tomato using TRIzol® (Invitrogen, USA) according to the manufacturer's instructions and subjected to RT-PCR using a PepMV-specific primer pair Pep3 (5'-ATGAGGTTGTCTGGTGAA-3') and Pep4 (5'-AATTCCGTGCACAACTAT-3') targeting a conserved part of the RNA-dependent RNA polymerase gene (Aguilar et al., 1). The cycling regime included reverse transcription for 30 min at 50°C, denaturation for 2 min at 94°C, followed by 40 cycles of denaturation at 94°C for 15 s, annealing at 45°C for 30 s and an extension cycle at 60°C for 45 s with a final extension cycle of 7 min at 68°C. PCR amplicons were fractionated by electrophoresis on 1.5% agarose gels and viewed with a UV transilluminator. Amplicons of the anticipated size (624 bp) were produced from all 12 diseased samples, confirming PepMV infection, whilst no amplicons were produced from virus-free controls. RT-PCR products were sequenced in both directions and the sequences were deposited in GenBank under Accession Nos. KP761701 - KP761712. BLAST analysis of the sequences confirmed the presence of PepMV in the diseased samples which was 99% identical to other tomato PepMV isolates (e.g. EF599605 and JX866666). To our knowledge this is the first report of PepMV incidence in Moroccan tomatoes. Since PepMV has become an endemic disease in many countries and is possibly seed transmitted, efforts should focus on phytosanitary control for both import and export of both tomato fruit and seeds. This work was supported by Domaines Agricoles - UCP (Plant Control Unit) Maâmora, Sale Morocco, University Hassan II of Casablanca and the Ministry of Higher Education of Morocco.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Étude de cas · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,015
Score d'incertitude au seuil0,030

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,033
Tête enseignante GPT0,282
Écart entre enseignants0,249 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeÉtude de cas
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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