Classification of a VUS in <i>MLH1</i> using a combination of family segregation studies and protein biochemistry.
Notice bibliographique
Résumé
342 Background: The identification of variants of unknown clinical significance (VUS) presents a challenge for diagnostic laboratories and clinicians working with families with Lynch syndrome (LS). Although a variety of strategies exist to attempt clarification, data from multiple sources is often required before a VUS is re-classified to pathogenic or benign. Methods: We report on the investigation of 2 families with a variant in the MMR gene MLH1, c.2038T>C (p.Cys680Arg). In addition to segregation analysis, and review of published literature, the c-terminal domain of MLH1was cloned, the p.Cys680Arg variant was generated using site-directed mutagenesis and protein expression was induced. In addition, this point mutation was modelled onto the crystal structure of the dimerization domain of MLH1. Results: Both families fit Amsterdam criteria for a diagnosis of LS. All available tumours exhibited MLH1 deficiency and microsatellite instability and all living affected individuals available were positive for MLH1 p.Cys680Arg variant. Protein studies confirmed that p.Cys680 resides in a tight hydrophobic cavity and the p.Cys680Arg mutation disrupts the folding of the C-terminal domain of MLH1. In two families this variant segregated with disease in a total of 12 individuals (>10 meiosis and >1000:1 odds in favor of linkage) and 3 had an MLH1 deficient tumour, supporting a pathogenic role for this variant. Inspection of the crystal structure of MLH1 suggested that the Cys680Arg mutation should severely alter the folding of the dimerization domain. As opposed to the dimerization domain of MLH1 that can be readily produced recombinantly and is stable in solution, the same domain of MLH1 encoding the Cys680Arg mutation was expressed as inclusion bodies, confirming that this mutation causes misfolding of the dimerization domain of MLH1. Conclusions: Our data confirms that the p.Cys680Arg mutation destabilizes the dimerization domain of MLH1, and presumably the DNA mismatch repair proficiency of individuals carrying this mutation. Based on this evidence and family history data, the MLH1 C680R missense variant is classified as pathogenic. This approach may prove useful in the classification of other variants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».