Rapid Emergence of a New Clone Impacts the Population at Risk and Increases the Incidence of Type emm89 Group A Streptococcus Invasive Disease
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Invasive group A Streptococcus (iGAS) disease caused by type emm89 strains has been increasing worldwide, driven by the emergence of an epidemic clonal variant (clade 3 emm89). The clinical characteristics of patients with emm89 iGAS disease, and in particular with clade 3 emm89 iGAS disease, are poorly described. Methods We used population-based iGAS surveillance data collected in metropolitan Toronto, Ontario, Canada during the period 2000–2014. We sequenced the genomes of 105 emm89 isolates representing all emm89 iGAS disease cases in the area during the period and 138 temporally matched emm89 iGAS isolates collected elsewhere in Ontario. Results Clades 1 and 2 and clade O, a newly discovered emm89 genetic variant, caused most cases of emm89 iGAS disease in metropolitan Toronto before 2008. After rapid emergence of new clade 3, previously circulating clades were purged from the population and the incidence of emm89 iGAS disease significantly increased from 0.14 per 100000 in 2000–2007 to 0.22 per 100000 in 2008–2014. Overall, emm89 organisms caused significantly more arthritis but less necrotizing fasciitis than strains of the more common type emm1. Other clinical presentations were soft tissue and severe respiratory tract infections. Clinical outcomes did not differ significantly between emm89 clades overall. However, clade 3 emm89 iGAS disease was more common in youth and middle-aged individuals. Conclusions The rapid shift in emm89 iGAS strain genetics in metropolitan Toronto has resulted in a significant increase in the incidence of emm89 iGAS disease, with noticeably higher rates of clade 3 disease in younger patients.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».