Abstract P4-07-06: MicroRNAs associated with acquired taxane resistance in a breast cancer cell line model
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Acquired chemoresistance remains the major cause of therapeutic failure in the treatment of breast cancer. Improved knowledge of the transition from drug sensitive to resistant breast cancer will pave the way for novel preventative and therapeutic strategies. MicroRNAs (miRNA) are endogenous, small non-coding RNAs that regulate gene expression by targeting the 3'UTR region of messenger RNAs. There is a growing body of evidence to suggest miRNAs may be involved in the development of chemoresistance and may play a role in the regulation of drug resistance pathways. Methods: An in vitro model of paclitaxel resistance was developed through the generation of resistant MDA-MB-231 cell lines by serial culture in escalating doses of taxane until resistance was achieved. The chemoresistant model was used to compare differential miRNA expression with the sensitive, parental line using the Nanostring® platform, analysing 800 human miRNAs. Confirmation of differential expression was performed by QRT-PCR. Results: This analysis resulted in 30 significantly altered miRNA (1.5 fold, p value < 0.05) at 25nM paclitaxel and 48 significantly altered miRNA at 50nM paclitaxel. The top up-regulated miRNA cluster in MDA-MB-231 25PACR is hsa-miR-548l (fold change: 2.89, p value: 0.016) and top down-regulated was hsa-miR-449a (fold change: -4.1. p value: 0.001). In MDA-MB-231 50PACR the top up-regulated miRNA cluster is hsa-miR-193a-5p (fold change: 3.746, p value: 0.008) and the top down-regulated miRNA cluster is hsa-miR-135a (fold change: -4.085, p value: 0.001). To explore the molecular mechanisms of the differentially expressed miRNAs in paclitaxel resistance, targets were predicted by in silico analysis. Pathways and networks designated by miRNA targets included the cell cycle, PI3K/Akt pathways and focal adhesion. Conclusion: In this study we identified candidate resistance-associated miRNAs which were differentially expressed between in vitro derived paclitaxel resistant MDA-MB-231 and the sensitive parental line. Further validation to ascertain their role in the transition to a chemoresistant phenotype is currently ongoing. Citation Format: Taylor KJ, Chong T, D'Costa A, Yao C, Gourley C, Cameron DA, Bartlett JMS, Spears M. MicroRNAs associated with acquired taxane resistance in a breast cancer cell line model [abstract]. In: Proceedings of the 2016 San Antonio Breast Cancer Symposium; 2016 Dec 6-10; San Antonio, TX. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2017;77(4 Suppl):Abstract nr P4-07-06.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».