Study of Gene Expression in Bovine Granulosa Cells from Different Follicle Growth Phases.
Notice bibliographique
Résumé
It is known that 1 in 3 follicles contains a good a competent oocyte, but to this day the features of those particular follicles have not been characterized. The objective of this study was to build the transcriptomic profile of granulosa cells (GC's) originating from pre-dominance follicle (6 to 9mm diameter) in dairy cattle using microarrays and validating by Q-PCR. Granulosas originating from three different phases of antral follicle growth were compared: growing (G), plateau (P) and atresia (A), as categorized by flow cytometry on DNA content. The growing and atretic conditions we're each hybridized against the plateau condition as a reference in order to understand the specific biological mechanisms underway in this class of follicles, which is believed to hold oocytes with the best capacities to produce an offspring following in-vitro assisted reproduction technologies such as maturation (MIV) and fertilisation (FIV). 2,942 genes were differentially expressed (P<0.05) in G vs P and 1,974 in P vs A. Ingenuity Pathway Analysis (IPA) software was used to study the regulation pattern of genes and functions predicted to be enriched in the dataset. Cytometry was efficient in categorizing the follicles in the different phases, as determined by the down-regulation of steroidogenesis genes: cytochrome P450, subfamily XIX (CYP19A1, i.e. aromatase), hydroxy-delta-5-steroid dehydrogenase, 3 beta- and steroid delta-isomerase 1 (HSD3B1) and cytochrome P450, family 11, subfamily A, polypeptide 1 (CYP11A1) in the granulosa cells of P follicles relative to G and probably in response to the decreasing FSH level. On the other hand, the P vs A contrast showed up-regulation of multiple transcripts associated to apoptosis: tissue transglutaminase (TGM2; transglutaminase 2 (C polypeptide, protein-glutamine-gamma-glutamyltransferase)), SH3 domain containing ring finger 1(SH3RF1, also known as POSH), disabled-2 (DAB2), desmoglein-2 (DSG2), death receptor 5 (DR5), caspase-4 (CASP4), Ras association (RalGDS/AF-6) domain family member 1 (RASSF1), chaperonin containing TCP1, subunit 2 (beta) (CCT2) and interferon regulatory factor 5 (IRF5). Functions such as cell death, secretion of lipids and ploidy of cells, were predicted to be increased in P-follicle-granulosa compared to G-follicles, while functions such as growth of cells were predicted to be decreased in P relative to G. Although the genes more expressed in the A condition did not correspond to common atretic markers, they are likely to be indicators differentiating between the late atresia status of the follicle and early atresia, a hallmark characteristic of plateau follicles. This study offers multiple candidate genes to be further studied at a biochemical level in order to elucidate their role in the modulation of oocyte competence. This work was supported by NSERC of Canada.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».