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Enregistrement W2596624237 · doi:10.15353/vsnl.v2i1.87

Automated enumeration and size distribution analysis of Microcystis aeruginosa via fluorescence imaging

2016· article· en· W2596624237 sur OpenAlex
Chao Jin, Maria Mesquita, Monica B. Emelko, Alexander Wong

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.
venuePublié dans une revue dont le pays d'attache est le Canada.

Notice bibliographique

RevueJournal of Computational Vision and Imaging Systems · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCell Image Analysis Techniques
Établissements canadiensUniversity of Waterloo
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanada Research Chairs
Mots-clésEnumerationMicrocystis aeruginosaMicrocystisBiological systemCyanobacteriaAlgaeMicrocystinComputer sciencePattern recognition (psychology)BiologyArtificial intelligenceEnvironmental scienceMathematicsEcology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Due to climate change, toxic cyanobacteria and algae blooms and the associated exposure risk to humans has become a global issue. As a result, routine monitoring to evaluate cell concentrations is increasingly required to ensure safe water supplies. Current methods for cyanobacteria and algae cells enumeration are time consuming and cost-intensive due to the need for manual labor, which prevents their widespread adoption for routine water monitoring.. Automated enumeration with computer-assisted image analysis has strong potential to become a viable solution for continuous routine monitoring; however, the design of such automated systems is challenging due to: a) poor contrast between the target cells and the background, b) presence of confounding cells and abiotic particles and b) image quality variability depending on factors such as the underlying microscopy system in use and the sample condition. In this study, we introduce a novel integrated imaging-based method for automated enumeration and size distribution of Microcystis aeruginosa, a species of freshwater cyanobacteria that can originate harmful blooms. The target cells were excited using a 546nm light source and the resulting fluorescent imaging signal was acquired. A probabilistic unsupervised classification approach was taken to detect Microcystis cells from the surrounding background based on the fluorescent signal. A Gaussian mixture model was learned from the fluorescent imaging signal. The detected Microcystis cells were then enumerated and statistics regarding their size distribution automatically computed. When compared to the manual enumeration data using an hemacytometer, the developed method achieved higher accuracy using much less time and resources, without cell staining. These preliminary results demonstrate the potential of the proposed method as a powerful and robust tool for water quality monitoring and safe water quality control when used alongside gold standard methods.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,844
Score d'incertitude au seuil0,296

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,003
Tête enseignante GPT0,256
Écart entre enseignants0,254 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle