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Enregistrement W2596950809 · doi:10.1200/jco.2012.30.15_suppl.10522

The effect of two BRM promoter variants on the risk of stage I/II upper aerodigestive tract cancers.

2012· article· en· W2596950809 sur OpenAlexaff
Kit Man Wong, Xiaoping Qiu, Dangxiao Cheng, Abul Kalam Azad, Prakruthi R. Palepu, Maryam Mirshams, Devalben Patel, Zhuo Chen, Heidi Roberts, Jennifer J. Knox, Rebecca Wong, Gail Darling, John Waldron, David P. Goldstein, Natasha B. Leighl, Frances A. Shepherd, Ming‐Sound Tsao, Sandy Der, David Reisman, Geoffrey Liu

Notice bibliographique

RevueJournal of Clinical Oncology · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueChromatin Remodeling and Cancer
Établissements canadiensUniversity Health NetworkToronto General HospitalPrincess Margaret Cancer CentreUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMedicineMalignancyLung cancerCancer researchOncologyInternal medicineOdds ratioCarcinogenesisCancer

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

10522 Background: BRM is a key subunit of the chromatin remodeling complex SWI/SNF and a putative tumor suppressor gene that is silenced in 15-20% of many solid tumors (PMID 15722796). Evidence suggests that it is epigenetically regulated, as two BRM promoter insertion variants (BRM-741 and BRM-1321) may lead to gene silencing by recruiting histone deacetylases. The presence of both homozygous BRM-741 and BRM-1321 highly correlate with loss of BRM expression and function in lung tumors, while increasing smoking-related lung cancer by two-fold (PMID 21478907). Also, the pharmacologic reversal of epigenetic changes of BRM offers a potential novel therapeutic approach (PMID 21478905). We assessed whether these BRM variants are associated with the risk of upper aerodigestive tract cancers, focusing on Stage I/II tumors that would most benefit from new screening and prevention strategies. Methods: BRM was genotyped by qPCR using TaqMan probes. 1,008 controls were matched to 595 cases by frequency distribution based on age, gender and smoking status. Multivariate logistic regression generated adjusted odds ratios (aOR). Results: The 595 cases were: 115 esophageal, 278 lung, and 202 head and neck cancers. 51% were adenocarcinomas; 60% were Stage I. The frequency of homozygozity was: BRM-741, 26%; BRM-1321, 23%; both variants, 15%. In the combined analysis, there was significant correlation between malignancy and homozygous BRM-741 (aOR 1.91 (95%CI 1.3-2.4); p=0.001) or BRM-1321 (aOR 1.94 (95%CI 1.4-2.7; p=3x10E-4). Being homozygous for both BRM variants carried an even greater risk (aOR 2.45 (95%CI 1.6-3.9); p=1x10E-5). This correlation was similar for adenocarcinomas (aOR 2.53 (95%CI 1.4-4.2); p=6x10E-4) and squamous cell carcinomas (aOR 2.33 (95%CI 1.3-4.4); p=8x10E-4). The increased cancer risk was also similar between these subgroups: head and neck, esophageal and lung cancers; Stage I and II patients; smokers and non-smokers. Conclusions: The two homozygous BRM variants increase the risk of early stage upper aerodigestive tumors by more than two-fold independent of smoking status. BRM promoter variants and their potential epigenetic effect may be early events in the evolution of these cancers.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,042
Tête enseignante GPT0,418
Écart entre enseignants0,376 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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