Pretransfer Editing in Threonyl-tRNA Synthetase: Roles of Differential Solvent Accessibility and Intermediate Stabilization
Notice bibliographique
Résumé
Aminoacyl-tRNA synthetases (aaRSs) catalyze the activation of the corresponding amino acids and attachment to their cognate tRNAs with extremely high fidelity due to pre- and post-transfer editing processes. We have computationally elucidated a pretransfer editing mechanism in yeast mitochondrial threonyl-tRNA synthetase (MST1) via the combined application of classical molecular dynamics and QM/MM-MD free energy calculations. It is concluded that the pretransfer editing mechanism against seryl-AMP occurs in two steps via an oxyanion intermediate. Importantly, its formation is central to, within the aminoacylation active site, the differential rates at which threonyl-tRNA synthetase (ThrRS) is able to hydrolyze its cognate threonyl-AMP and noncognate seryl-AMP substrates. More specifically, in contrast to that observed when threonyl-AMP is bound in the ThrRS active site, the binding of seryl-AMP enables a greater number of waters to permeate into the active site. This results in greater stabilization of the seryl-AMP derived oxyanion intermediate via hydrogen bonding such that it is thermodynamically more stable by 7–10 kcal mol –1 than is the case for threonyl-AMP. Moreover, the barrier associated with the first step of the hydrolytic pretransfer mechanism is less for seryl-AMP than for threonyl-AMP by 4–10 kcal mol –1 . These results help to explain the preferential degradation of noncognate seryl-AMP over threonyl-AMP by ThrRS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».