Muscle-invasive bladder cancer: Molecular subtypes and response to neoadjuvant chemotherapy.
Notice bibliographique
Résumé
281 Background: Molecular subtypes of muscle-invasive bladder cancers (MIBC) have recently been discovered based on gene expression. We investigated the impact of different subtyping methods on response to neoadjuvant cisplatin-based chemotherapy (NAC) and developed a single sample model for subtyping. Methods: Transcriptome-wide microarray analysis was conducted on pre-NAC transurethral resection (TUR) specimens of 223 patients with MIBC who received NAC followed by cystectomy at 5 centers. The specimens were classified according to four published methods for molecular subtype (UNC, MDA, TCGA, Lund). Overall survival (OS) for each subtype was compared between NAC patients in this study and non-NAC patients from the provisional TCGA. A genomic classifier (GSC) was trained to predict subtype in a single sample model and validated in independent NAC (2 centers) and non-NAC datasets. Results: The models generated subtype calls similar to previously published ratios. Concordance of a given subtype between the different methods was high. Luminal tumors had the best OS independent of NAC. Patients with tumors classified as UNC basal, MDA basal and TCGA cluster III experienced the greatest improvement in OS after NAC compared to surgery alone. Tumors assigned as UNC claudin-low had the worst OS irrespective of treatment regimen (p=0.005). GSC accurately predicted four classes (luminal, luminal-infiltrated, basal, claudin-low) and the differential impact of a basal subtype on patient OS in NAC (3-yr survival of 75.2%; p=0.001) and non-NAC (3-yr survival of 42.4%; p=0.014) cohorts could be validated. Conclusions: The benefit of NAC varies between molecular subtypes. The good prognosis of luminal/cluster I tumors could not be improved with NAC, which suggests these patients may be managed best with surgery alone. The prognosis of patients with basal tumors improved the most when treated with NAC compared to surgery alone. Poor OS of claudin-low tumors even after NAC implies that these tumors are resistant to cisplatin-based chemotherapy, and these patients should be included in protocols investigating alternative treatment options like immunotherapy. Further validation prior to clinical implementation is needed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».