Conserved roles of RECQ-like helicases Sgs1 and BLM in preventing R-loop associated genome instability
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Sgs1 is a yeast DNA helicase functioning in DNA replication and repair, and is the orthologue of the human Bloom’s syndrome helicase BLM. Here we analyze the mutation signature associated with SGS1 deletion in yeast, and find frequent copy number changes flanked by regions of repetitive sequence and high R-loop forming potential. We show that loss of SGS1 increases R-loop accumulation and sensitizes cells to replication-transcription collisions. Accordingly, in sgs1 Δ cells the genome-wide distribution of R-loops shifts to known sites of Sgs1 action, replication pausing regions, and to long genes. Depletion of the orthologous BLM helicase from human cancer cells also increases R-loop levels, and R-loop-associated genome instability. In support of a direct effect, BLM is found physically proximal to DNA:RNA hybrids in human cells, and can efficiently unwind R-loops in vitro . Together our data describe a conserved role for Sgs1/BLM in R-loop suppression and support an increasingly broad view of DNA repair and replication fork stabilizing proteins as modulators of R-loop mediated genome instability.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».